Pro studium biologických procesů v rostlinách je důležitý vývoj metod umožňující mikroskopické pozorování živých systémů v čase. Pro tyto metody je stěžejní nastavení optimálních podmínek pro pozorovaný organismus během snímání. Tato bakalářská práce se zabývá optimalizací přípravy mikroskopického preparátu pro pozorování interakcí rostliny vojtěšky (Medicago sativa L.) a půdních bakterií rodu Sinorhizobium a následné dokumentace počátečních fází těchto interakcí.When studying biological processes of plants it is important to develop methods that enable us to make high-quality microscopic imaging of living organisms continuously in time. It is important to set optimal growing conditions for the observed organism while imaging. In this bachelor thesis optimalization and testing of samples on microscopic preparations is performed. This allows us to study interactions of alfalfa (Medicago sativa L.) and Sinorhizobium genus.