Number of the records: 1
Příprava zhrubeného modelu cytochromu P450 3A4
Title statement Příprava zhrubeného modelu cytochromu P450 3A4 [rukopis] / Zuzana Koukalová Additional Variant Titles Příprava zhrubeného modelu cytochromu P450 3A4 Personal name Koukalová, Zuzana, (dissertant) Translated title Preparation of coarse-grained model of cytochrome P450 3A4 Issue data 2018 Phys.des. 38 s. : il., grafy, schémata, tab. + CD ROM Note Oponent Veronika Navrátilová Ved. práce Martin Šrejber Another responsib. Navrátilová, Veronika (opponent) Šrejber, Martin (thesis advisor) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor) Keywords Cytochrom P450 * molekulová dynamika * zhrubený model * Cytochrome P450 * Molecular dynamics * Coarse-grain models Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses UDC (043)378.22 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Bc. Degree program Bakalářský Degree program Chemie Degreee discipline Aplikovaná chemie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00230357-604168142.pdf 8 2.6 MB 20.08.2018 Posudek Typ posudku 00230357-ved-615975399.pdf Posudek vedoucího 00230357-opon-411382679.pdf Posudek oponenta
V této práci byly připraveny zhrubené modely systému cytochromu P450 3A4 na různých membránách složených z lipidů DOPC, DOPE a DOPG. Prostřednictvím molekulárně dynamických simulací za použití silového pole Martini byly nejdříve analyzovány strukturní parametry samotných membrán např. plocha, kterou zaujímá jeden lipid, tloušťka membrány či stupeň uspořádanosti lipidů. Poté bylo studováno chování na membráně kotveného cytochromu P450 3A4. Výsledky zhrubených simulací byly následně porovnány s atomistickými simulacemi a experimentálně dostupnými daty. Shoda zhrubených modelů s atomistickými simulacemi a experimenty potvrzuje vhodnost použití těchto modelů ke studiu biologických systémů.In this study we prepared coarse-grain models of membrane-bound cytochrome P450 3A4 on membrane of different lipid composition, such as DOPC, DOPE and DOPG. Using molecular dynamics techniques and Martini lipid force field we analyzed structural parameters of membranes such as area per lipid, bilayer thickness and order parameters. Then, behaviour of membrane attached cytochrome P450 was studied. Results obtained from coarse-grain simulations were compared to all-atom models and experimental data. The correlation between coarse-grain models, atomistic simulations and experiments proved that this approach is valid tool to study biological systems.
Number of the records: 1