Transplantace plic je často poslední možností léčby pro pacienty v terminální fázi respiračního selhání u onemocnění plicního parenchymu či kardiálního selhání u primární a sekundární plicní hypertenze. Hlavním limitujícím faktorem dlouhodobé funkce transplantovaného štěpu a přežití pacientů po transplantaci plic je chronická rejekce plic. V pátém roce po transplantaci je diagnostikována přibližně u poloviny příjemců, medián přežití od diagnózy se pohybuje mezi 1 a 3 lety dle fenotypu rejekce. Její časnější nástup je spojen s rychlejší progresí a horším přežitím plicního štěpu. V současné době se stále hledají spolehlivé prognostické markery, díky kterým by bylo možné určit skupinu rizikových pacientů s vysokou pravděpodobností rejekce štěpu. V této diplomové práci byl ve vzorcích bronchoalveolární lavážní tekutiny, získaných od pacientů po transplantaci plic, stanoven absolutní počet buněk imunitního systému pomocí průtokové cytometrie a imunocytochemického barvení cytospinů. Dále byly hodnoceny hlavní populace (lymfocyty, monocyto/makrofágová linie a neutrofily) s bližším pohledem na subpopulace T-lymfocytů (CD8+ T-lymfocyty, CD4+ T-lymfocyty a Treg buňky). Zastoupení základních imunitních buněk bylo hodnoceno také u vybraných pacientů, u kterých byly k dispozici vzorky bronchoalveolární lavážní tekutiny odebrané v různém časovém období. Tato analýza byla provedena rovněž u pacientů po transplantaci plic s odlišnou primární diagnózou. Práce se dále věnovala analýze celkové buněčnosti a počtu alveolárních makrofágů a dalších imunitních buněk v plicních biopsiích získaných od pacientů po transplantaci plic pomocí automatické zobrazovací a analyzační technologie TissueFAXS. Byla zjištěna výrazně větší celková buněčnost a počet alveolárních makrofágů plicních biopsií u podskupiny pacientů s chronickou rejekcí plic v porovnání s pacienty, u kterých k rejekci plicního transplantátu nedošlo. Pozorované rozdíly v celkové buněčnosti a počtu alveolárních makrofágů transplantované plicní tkáně by mohly být využitelné jako vhodný prognostický marker u pacientů po transplantaci plic. Diplomová práce rovněž potvrzuje využitelnost automatické analýzy oblastí bioptované tkáně pomocí automatického zobrazovacího a analyzačního systému TissueFAXS.Lung transplantation is often the last treatment option for patients in the terminal phase of respiratory failure in pulmonary parenchyma or cardiac failure in primary and secondary pulmonary hypertension. The main restrictive factor of a long-term function of the transplanted graft and for the survival of patients after lung transplantation is a chronic lung rejection. It is diagnosed in approximately half of the recipients five years after the transplantation. Median survival since diagnosis varies between 1 and 3 years according to the phenotype of rejection. Its earlier onset is associated with a faster progression and a worse survival of the pulmonary graft. Currently, reliable prognostic markers are still being sought to identify groups of patients with a high risk of graft rejection. In this diploma thesis, the absolute number of cells of the immune system was determined by flow cytometry and immunocytochemical staining of cytospins in samples of bronchoalveolar lavage fluid obtained from patients after lung transplantation. Major populations (lymphocytes, monocyte/macrophage lineage and neutrophils) were evaluated with special emphasis to T-cell subpopulations (CD8+ T-lymphocytes, CD4+ T-lymphocytes and regulatory T-cells). Main immune cells were also evaluated in selected patients from whom samples of bronchoalveolar lavage fluid were collected at different time points. This analysis was also performed in patients after lung transplantation with a different primary diagnosis. The study was also focused on the analysis of a total cellularity and the number of alveolar macrophages and other immune cells in pulmonary biopsies obtained from patients after lung transplantation using automatic imaging and analysis technology TissueFAXS. A considerably higher total cellularity and the number of alveolar macrophages was found in lung biopsies obtained in a subgroup of patients with chronic lung rejection in comparison to patients with no pulmonary transplant rejection. Observed differences in total cellularity and the number of alveolar macrophages of transplanted lung tissue could be useful as a suitable prognostic marker in lung transplant patients. The diploma thesis also confirms the applicability of the automatic analysis of bioptical tissue areas using the automatic imaging and analysis system TissueFAXS.