Cibule šalotka (Allium cepa var. aggregatum L.) je významná pro svou chuť a řadu zdraví prospěšných účinků. Tyto vlastnosti jsou závislé na chemickém složení, které je ovlivňováno různými faktory. Fruktan-B-(2,1)-fruktosidasa (EC 3.2.1.153) hydrolyzuje terminální fruktosu z fruktanového řetězce. Screening metabolitů byl proveden v 87 kultivarech cibule šalotky a 3 kultivarech cibule kuchyňské (Allium cepa L.) ze dvou vegetačních období, 2016 a 2017. Glukosidy kvercetinu a malé sacharidy byly analyzovány HPLC, naopak fruktany byly kvantifikovány pomocí spektrofotometrické metody. Dále byly srovnány tři spektrofotometrické metody a HPLC pro určení enzymové aktivity. V šalotce byly stanoveny hladiny kvercetin-3,4-O-diglukosidu (218-948 mg*100 g-1 DW), kvercetin-4-O-glukosidu (45-253 mg*100-g 1 DW), sacharosy (8-18 mg*100 mg-1 DW), glukosy (pod mezí detekce až 10 mg*100 mg-1 DW), fruktosy (4-16 mg*100 mg-1 DW) a fruktanů (21-55 mg-100 mg-1 DW). Obsah analytů s výjimkou sacharosy byl mezi dvěma roky signifikantně odlišný. Na základě měření obsahu malých sacharidů a fruktanů byly vybrány sladké kultivary vhodné k okamžité konzumaci a kultivary vhodnější pro dlouhodobému skladování. Ve srovnání s cibulí bylo množství kvercetin-3,4-O-diglukosidu v šalotce vyšší, sacharosy a glukosy nižší. HPLC metoda stanovení enzymové aktivity fruktan-B-(2,1) fruktosidasy a metoda spektrofotometrická (založená na spřažených enzymových reakcí) byly nejvhodnější pro měření enzymové aktivity, která by mohla být využita ke stanovení konce dormance.Shallot (Allium cepa var. aggregatum L.) is important for its taste and many health benefits. These properties are dependent on a chemical composition that is influenced by various factors. Fructan exohydrolase (EC 3.2.1.153) hydrolyses terminal fructose from fructan chain. Metabolite screening was performed in 87 shallot cultivars and 3 onion cultivars (Allium cepa L.) from two growing seasons, 2016 and 2017. Quercetin glucosides and simple carbohydrates were determined by HPLC. On the contrary, fructans were quantified by the spectrophotometric method. In addition, three spectrophotometric methods and HPLC were compared for assessment of the enzyme activity. The levels of quercetin 3,4-O-diglucoside (218-948 mg*100 g-1 DW), quercetin 4-O-glucoside (45-253 mg*100 g-1 DW), sucrose (8-18 mg*100 mg-1 DW), glucose (below the limit of detection to 10 mg*100 mg-1 DW), fructose (4-16 mg*100 mg-1 DW) and fructans (21-55 mg*100 mg-1 DW) were determined in shallot. The analyte content except for glucose was significantly different between two years. Based on the amount of simple carbohydrates and fructans, the sweet cultivars suitable for immediate consumption and the cultivars more suitable for long-term storage were chosen. Shallot in comparison with onion had higher amount of quercetin 3,4-O-diglucoside, lower amounts of sucrose and glucose. The HPLC method for determination fructan exohydrolase activity and the spectrophotometric method (based on the coupled enzyme assay) were the most suitable for measurement of the enzyme activity, which could be used to determine the end of dormancy.