Number of the records: 1  

Návrh struktur vybraných makromolekul metodami výpočetní chemie

  1. Title statementNávrh struktur vybraných makromolekul metodami výpočetní chemie [rukopis] / Jan Pauswang
    Additional Variant TitlesNávrh struktur vybraných makromolekul metodami výpočetní chemie
    Personal name Pauswang, Jan (dissertant)
    Translated titleDesign of macromolecular structures using computational methods
    Issue data2018
    Phys.des.47
    NoteOponent Karel Berka
    Ved. práce Petra Kührová
    Another responsib. Berka, Karel, 1982- (opponent)
    Kührová, Petra (thesis advisor)
    Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor)
    Keywords molekulová mechanika * molekulová dynamika * Amber * polymeráza * cytomegalovirus * model polymerázy * molecular mechanics * molecular dynamics * Amber * polymerase * cytomegalovirus * polymerase's model
    Form, Genre diplomové práce master's theses
    UDC (043)378.2
    CountryČesko
    Languagečeština
    Document kindPUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitleMgr.
    Degree programNavazující
    Degree programChemie
    Degreee disciplineMateriálová chemie
    book

    book

    Kvalifikační práceDownloadedSizedatum zpřístupnění
    00219971-398619167.docx13033.2 MB04.05.2018
    PosudekTyp posudku
    00219971-ved-196886021.pdfPosudek vedoucího
    00219971-opon-614890374.docxPosudek oponenta

    Práce se zabývá vytvořením modelů polymerázy cytomegaloviru. Při vytváření modelu byl pro návrh struktury použit program I-TASSER. Simulace modelů probíhaly pomocí výpočtů založených na principech molekulové mechaniky v programu Amber. Templáty, na jejichž základě byly pomocí programu I-TASSER vytvořeny modely polymerázy, odpovídaly kódům 2gv9, 3iay a 4flw v PDB databázi. Byly vytvořeny dva modely polymerázy cytomegaloviru obsahující DNA. Jeden model obsahoval DNA v exonukleázové formě. Druhý model obsahoval DNA v polymerázové formě.In this work the generating of model of polymerase of cytomegalovirus was studied. I-TASSER program was used to prediction of polymerase structure. Simulation of models were performed with program Amber using molecular mechanism principles. Structure of models is based on concrete structures of herpesvirus polymerase (2gv9), yeast (3iay) and archaebacteria (4flw). Models were prepared with DNA in two modes. First model was prepared with DNA in the polymerizing mode. Second model was prepared with DNA in editing mode.

Number of the records: 1  

  This site uses cookies to make them easier to browse. Learn more about how we use cookies.