Cílem diplomové práce byl vývoj metody pro semipreparativní chromatografickou separaci vybraných biologicky aktivních látek. Významnou částí práce bylo testování možností automatického sběru separovaných frakcí pomocí frakčního kolektoru. Byly testovány možnosti frakcionace enantiomerů racemického standardu cis-ketokonazolu, který je farmakologicky významným antimykotikem dlouhou dobu užívaným v klinické praxi. Vyvíjená metoda navazovala na dřívější studii o enantioselektivitě polysacharidových fází k azolovým antimykotikům. Dobré frakcionace bylo dosaženo s využitím kolony Lux Cellulose-1 (250 × 10 mm), mobilní fáze methanolu a s využitím frakčního kolektoru Knauer Azura Assistant ASM 2.1L. Spolehlivá a robustní automatická práce frakčního kolektoru je zajištěna, pokud se přepínání ventilů kolektoru řídí hodnotou směrnice signálu. Druhá část práce se zabývala chromatografickou frakcionací anthokyaninových barviv a jejich derivátů přítomných v ovocném víně připraveném z jahod. Byla optimalizována metoda pro semipreparativní separaci a frakční kolekci pomocí výše uvedeného frakčního kolektoru. Vyvinutá metoda umožnila rozdělení jahodového vína na 5 hlavních frakcí, které byly automaticky izolovány pomocí frakčního kolektoru. Posledním krokem byla identifikace izolovaných frakcí s využitím kapalinové chromatografie s tandemovou hmotnostní spektrometrií. Čtyři z pěti izolovaných frakcí obsahovaly čisté látky - pelargonidin-3-glukosid, pelargonidin-3-rutinosid, 5-(p-hydroxyfenyl)pyranopelargonidin-3-rutinosid a 5-(p-hydroxyfenyl)-pyrano-pelargonidin- -3-glukosid. Tři posledně zmiňované látky nejsou komerčně dostupné a vyvinutá metoda je tedy vhodným přístupem pro jejich izolaci za účelem studia jejich fyziologických vlastností.The aim of the presented thesis was development of method for semipreparative chromatographic isolation of selected biologically active compounds. The study involved testing of automatic collection of fractions using on-line connected fraction collector. The possibilities of isolation of enantiomers of cis-ketoconazol, that is pharmaceutically significant antifungal drug long time used in clinical practice, were tested. The developed method follows a former study dealing with the enantioselectivity of polysaccharide stationary phases towards azole antifungal drugs. Good fractionation was achieved using Lux Cellulose-1 (250 x 10 mm) column, mobile phase consisted of methanol and fraction collector Knauer Azura Assistant ASM 2.1L. Reliable and robust automatic performance of the fraction collector was achieved when the valve switching is driven by the value of signal slope. Second part of the diploma work was devoted to the chromatographic fractionation of anthocyanin dyes and their derivatives present in fruit wine prepared from strawberries. The method for semipreparative separation and fraction collection using the above-mentioned fraction collector. The developed method allowed separation of five main fractions and their automatic collection. The composition of the isolated fractions was analyzed using liquid chromatography with tandem mass spectrometric detection. Four fractions contained pure compounds pelargonidin-3-glucoside, pelargonidin-3-rutinoside, 5-(p-hydroxyfenyl)pyrano-pelargonidin-3-rutinoside and 5-(p-hydroxyfenyl)-pyranopelargonidin-3-glucoside. The latter three dyes are not commercially available, and the developed method represents suitable approach for their isolation for further physiological properties study.