Cílem bakalářské práce bylo otestovat a vyselektovat nejvhodnější metody vyhodnocování změn fenotypu experimentálních rostlin vojtěšky (Medicago sativa L.) na orgánové, pletivové a buněčné úrovni. Objektem experimentů byly transgenní linie stabilně transformovány s konstruktem SIMKK-RNAi k potlačení exprese SIMKK a kontrolní linie kultivaru Regen-SY, které byly pěstovány in vivo v půdě ve stejných kontrolovaných podmínkách. Pomocí softverového programu byly na snímcích listů semi-automatizovaně a manuálně změřeny parametry týkající se strukturálního fenotypu. Zjištěné rozdíly mezi transgenními a kontrolními liniemi mohou být způsobeny změnou regulace vývojových procesů, které ovlivnila změněná exprese signálního proteinu SIMKK.The main goal of this bachelor's thesis was to test and to select the most suitable methods for evaluation of some alterations of the phenotype of the experimental plants of alfalfa (Medicago sativa L.) on organ, tissue and cellular levels. The tested plants were control and transgenic lines which were stably transformed with SIMKK-RNAi construct to suppress SIMKK expression. All of the plants were grown in vivo in soil under control conditions. By means of a software program several structural phenotype's parameters of leaves were measured semi-automatically and manually. Ascertained differences between transgenes and controls could be caused by the changes in the regulation of developmental processes which were altered by changes in SIMKK signal protein expression.