Tato práce je zaměřena na proteomiku a její metody využívané při výzkumu léčiv a biomarkerů. V teoretické části jsou shrnuty hlavní body pracovních a analytických postupů moderní proteomiky. Experimentální část je rozdělena mezi dva projekty, které společně využívají většinu metod popsaných v teoretické části. První část diskutuje projekt proteomického profilování nádorových buněčných linií pro zjištění jejich odpovědi na léčivo. K tomu bylo využito více hmotnostně spektrometrických přístupů Proteomická analýza v tomto projektu odhalila, že hlavní buněčnou odpovědí na ošetření oxaliplatinou je nukleolární stres. Druhým projektem je přehled kvantitativních MS metod použitých k analýze hladiny potencionálního biomarkeru, asporinu. Specifická citlivost většiny metod na asporin byla velmi nízká. Důvody pro tuto nízkou citlivost jsou v této práci také diskutovány, nejpravděpodobnější je rezistence asporinu k trypsinové digesci.The thesis is focused into proteomic methods and their application in drug and biomarker research. Theoretical part reviews all major aspects of modern proteomic workflow and analysis. Experimental part is split into two parts covering together the large part of methods discussed in theoretical introduction. The first part discusses project of drug response determination by cancer cell line proteomic profiling. A suitability of different MS approaches for this kind of analysis is discussed here as well as successful determination of nucleolar stress as main response to oxaliplatin treatment. The second project of this thesis is an overview of MS quantification approaches in analysis of asporin protein. This protein showed itself to be particularly hard to analyse with reasonable sensitivity. The reasons of such low sensitivity specific to asporin are discussed here as well. The most probable reason is a resistance of asporin to trypsin digestion.