Number of the records: 1  

Molekulové modelování UDP-glukuronosyltransferáz

  1. Title statementMolekulové modelování UDP-glukuronosyltransferáz [rukopis] / Štěpán Helmer
    Additional Variant TitlesMolekulové modelování UDP-glukuronosyltransferáz
    Personal name Helmer, Štěpán (dissertant)
    Translated titleMolecular modelling of UDP-glucuronosyltransferases
    Issue data2017
    Phys.des.34
    NoteVed. práce Karel Berka
    Oponent Martin Šrejber
    Another responsib. Berka, Karel, 1982- (thesis advisor)
    Šrejber, Martin (opponent)
    Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra buněčné biologie a genetiky (degree grantor)
    Keywords UGT * homologní modelování * molekulárně dynamické simulace * molekulové dokování * UGT * homology modelling * molecular dynamics simulations * molecular docking
    Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses
    UDC (043)378.22
    CountryČesko
    Languagečeština
    Document kindPUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitleBc.
    Degree programBakalářský
    Degree programBiologie
    Degreee disciplineMolekulární a buněčná biologie
    book

    book

    Kvalifikační práceDownloadedSizedatum zpřístupnění
    00217486-947722231.pdf402.3 MB12.05.2017
    PosudekTyp posudku
    00217486-ved-973029576.pdfPosudek vedoucího
    00217486-opon-187618585.pdfPosudek oponenta
    Call numberBarcodeLocationSublocationInfo
    BP-KBB/283 (PřF-KBO)3134520428PřF-HolicePřF, Knihovna Holice - skladIn-Library Use Only

    Náplní této bakalářské práce byla literární rešerše a zkoumání struktury UDP-glukuronosyltransferáz (UGT) in silico metodami. V teoretické části práce jsem shromáždil dosavadní informace o UGT, tedy o jejich významu při metabolismu xenobiotik, jejich názvosloví, o mechanismu glukuronizační reakce, kterou UGT zprostředkovávají, dále o struktuře UGT2B7, na kterou je tato práce zaměřena. V praktické části popisuji programy, které jsem ve své práci použil. Ve výsledcích pak komentuji model UGT2B7 vytvořený programem I-TASSER. Ten jsem následně zanořil do membrány a ve formě monomeru i dimeru vložil do molekulové dynamiky. Následně jsem vyhledával dutiny vedoucí k aktivnímu místu. Do těchto dutin jsem poté pomocí molekulového dokování vkládal molekuly UDP-glukuronové kyseliny a ibuprofenu a počítal tak jejich afinitu k aktivnímu místu. V závěru jsem na základě výsledků vyvodil, jakým způsobem UGT dimerizují a proč.The goal of this thesis is exploration of UDP-glucuronosyltransferase (UGT) structure by in silico methods. In theoretical part of thesis, I have assembled information about UGT, specifically about their importance in xenobiotic metabolism, their nomenclature, mechanism of glucuronization reaction and about structure of UGT2B7. In practical part, I have described applied programs. In result section, I have commented the model of UGT2B7, which has been generated by I-TASSER. I have embedded it to a membrane in form of monomer and dimer and analysed it with molecular dynamic simulations. Snapshots from the simulations were then used for active site cavity detection prior molecular docking. Lastly, I have used molecular docking of ibuprofen and UDP-glucuronic acid to detected cavities to measure their affinities toward active site. Finally, UGT dimerization is discussed.

Number of the records: 1  

  This site uses cookies to make them easier to browse. Learn more about how we use cookies.