Pšenice setá je pro lidstvo jednou z nejdůležitějších zemědělských plodin. Znalost jejího genomu by měla urychlit šlechtění nových odrůd a zvýšit tak její výnos, na který jsou zvyšující se požadavky. Cílem této práce je získání sekvence krátkého ramene pšeničného chromosomu 3D (3DS). Chromosomální rameno separováno pomocí průtokové cytometrie a jeho DNA byla použita pro přípravu knihovny dlouhých insertů a následně fyzické mapy. Kontigy fyzické mapy byly uspořádany podél chromosomu pomocí dvou genetických map a virtuálního pořadí genů získaného porovnáním s příbuznými druhy. Všechny klony z MTP (minimální sestavy klonů reprezentující fyzickou mapu) byly sekvenovány a sekvence pak byly poskladány do superkontigů. Celková délka sekvence z 3093 klonů pokrývá chromosomální rameno 1,1x. Získáné informace budou použity pro lokalizaci genů a jejich analýzu, studium evoluce genomu a funkce "nekodujích" oblastí DNA. Celá strategie může sloužit jako manuál pro sekvenování genomu další druhů.The bread wheat is one of the most important crops. The knowledge of its genome could accelerate breeding and increase yield to meet rising food demands. The goal of this thesis is to produce a genome sequence of wheat chromosome arm 3DS. The DNA from flow-sorted chromosome 3DS was used to create a BAC library. BAC clone fingerprinting method and FingerPrinted Contig program were utizilized for building of the physical map. Physical contigs were sorted along two genetic maps and ordered set of genes from related species using a new, sequencing-based pooling strategy. All clones from minimal tiling path (MTP) were sequenced and data were assembled to scaffolds. Total sequence length from 3,093 well sequenced MTP clones covers the chromosome arm 1.1 times. The obtained information will be used for gene localization and its analysis, study of genome evolution and function of not-coding regions. The sequence strategy could serve as a manual for other species.