Studium genové exprese je v dnešní době hlavním zájmem mnoha výzkumných projektů. Mezi populární techniky, které jsou využívány pro kvantitativní studium genové exprese, patří real-time RT-qPCR a RNA sekvencování (RNAseq). RNAseq je relativně novou metodou, která je stále ve vývoji, na rozdíl od metody real-time RT-qPCR, která je osvědčená a používaná již mnoho let. V současné době bývá často při studiích genové exprese metodou RNAseq vyžadováno potvrzení výsledků jinou metodou, například real-time RT-qPCR. V rámci diplomové práce byly tyto dvě metody srovnávány a byly použity pro kvantifikaci genové exprese dvou kmenů Claviceps purpurea (Cp), Gal404 a 20.1. Byla provedena analýza diferenciálně exprimovaných genů (DEGs) mezi vzorky mycelia a sklerocia Cp kmene Gal404 a také mezi vzorky sklerocií Cp kmene Gal404 a 20.1. Pro analýzu DEGs byly používány dva programy, DESeq a edgeR. Počet DEGs vyhodnocených programy DESeq a edgeR se mezi srovnávanými vzorky lišil, jelikož se ukázalo, že hodnoty log2FoldChange, které vyjadřují změnu v expresi genů mezi srovnávanými vzorky u ubou programů korelovaly, kdežto hladina významnosti zjištěných změn v genové expresi (padj) při těchto výsledcích byla často oběma programy vyhodnocena rozdílně. Na základě výsledků metody RNAseq bylo vybráno několik genů pro relativní kvantifikaci genové exprese metodou real-time RT-qPCR u vzorků mycelia a sklerocia obou kmenů, Gal404 i 20.1. Výsledky kvantifikace genové exprese prostřednictvím obou metod byly srovnatelné.Study of the gene expression represents an important part or many reasearch projects. The most popular techniques used for a quantitative gene expression analyses are real-time RT-qPCR and RNA Sequencing (RNAseq). RNAseq is relatively new and still developing method, in contrast to real-time RT-qPCR method, which is well established and used for many years. Due to this fact, the confirmation of RNAseq results by real-time RT-PCR use to be required very often. The main aim of this diploma thesis was to compare the two methods, and to quantify the gene expression in the two strains of Claviceps purpurea, strain Gal404 and 20.1. Identification of significantly differentialy expressed genes (DEGs) was performed between the samples of mycelia and sclerotia of the strain Gal404 and between the samples of sclerotia of the strain 20.1 and Gal404. For the analysis of DEGs the two programs were used, DESeq and edgeR. The number of DEGs identified by DESeq and edgeR was differrent. Moreover, it was found out that values of log2FoldChange, which indicate the change in the gene expression, calculated by both programs was in good correlation, however, significance level of the detected changes (padj) was not. Based on the RNAseq results, some genes were chosen for the relative quantification of the gene expression by real-time RT-qPCR between the samples of mycelia and sclerotia of the boths strains, Gal404 and 20.1. The results of the gene expression quantification obtained by both methods were comparable.