První část této diplomové práce je věnována popisu teorie elektromigračních technik, jejich základním principům a instrumentaci. Druhá část je věnována elektroforéze na čipu, výrobním technikám a základním materiálům, které se používají k výrobě čipu. Experimentální část je detailně zaměřena na výrobu mikrofluidního čipu, pro použití v elektromigračních technikách. Materiálem pro výrobu čipu byl zvolen PDMS, jehož mikrofluidní struktura byla uzavírána sklem. PDMS bylo se sklem spojováno pomocí ručního generátoru koronárního výboje. Dále je v práci popsána separace barviv pomocí izotachoforézy na čipu. Výsledkem této práce je funkční mikrofluidní čip, na kterém byla úspěšně provedena zotachoforetická separace dvou organických, aniontových barviv. Separace byla zachycena pomocí digitálního mikroskopu.The first part of my thesis describes theory of electromigration techniques, their basic principles and instrumentation. Then chip electrophoresis, techniques and materials for production of chips are discussed. The experimental part is focused on the production of microfluidic chip for the use in electromigration techniques. PDMS was chosen as a material for chip production. Its microfluidic structure was sealed by glass using a low-cost hand-held corona generator. Next, the separation of model dyes by isotachophoresis on chip is shown. The final outcome of this thesis is working PDMS microfluidic chip which allows isotachophoresis separation of two anionic organic dyes. Separation was studied and detected under a digital microscope.