Diplomová práce Harmonizace daňové soustavy České republiky v EU se zabývá procesem harmonizace a jeho dopadem na český daňový systém. Předkládaná práce nejdříve popisuje daňový systém ČR a komparuje ho s daňovými systémy Německa a Slovenska, jakožto zeměmi, které měly významnou roli v české historii a s daňovým systémem bankrotujícího Řecka. Harmonizace daní je důležitým aspektem pro fungování jednotného vnitřního trhu. Proces harmonizace je složitý z důvodu jednomyslnosti při přijímání legislativních aktů na úrovni EU. I přes tuto překážku se členské státy dokázaly dohodnout a harmonizovat jak nepřímé daně, tak do určité míry i daně přímé. V nepřímých daních je plně harmonizována DPH, jakožto nejvýznamnější daň, co se týče odvodu peněz do rozpočtu EU, stejně tak jsou harmonizovány i spotřební daně a daně ekologické, v evropské legislativě nazývané akcízy. Z oblasti přímých daní státy byly ochotné vzdát se části své suverenity u daní z příjmů jak FO tak PO. Proces harmonizace se týká jak sjednocení výše sazeb, tak i správy daní. Sjednocením správy daní v členských státech se má dosáhnout větší efektivity výběru, ale předchází se i daňovým únikům a podvodům díky větší míře vzájemné spolupráce a informovanosti. Ačkoliv státy dospěly k dohodě o harmonizaci zmíněných daní, další vývoj harmonizačních snah nebude jednoduchý a v nadcházejících letech se s ním ani nepočítá. Do budoucna se počítá pouze s novelizací stávající právní úpravy a případné změny budou jen reakcí na dění ve světě (ekonomická krize, imigrace). Státy se totiž nevzdají svých suverénních práv v oblasti daní.The diploma thesis "Harmonization of the Tax System of Czech Republic in the EU" deals with a process of harmonization and its impact on the Czech tax system. The presented paper describes the tax system of the Czech Republic and compares it with the tax systems of Germany and Slovakia, as countries which had a significant role in Czech history and the tax system of Greece which is on the verge of bankruptcy. Tax harmonization is an important aspect for the functioning of the internal market. The harmonization process is complicated because of unanimity in adopting legislative acts at EU level. Despite this obstacle, the Member States were able to agree on harmonization of indirect taxes and after some extent also of direct taxes. From indirect taxes are fully harmonized VAT, excise duties and environmental taxes. VAT is the most important tax in terms of the levy funds in the EU budget. In the field of direct taxation, states were willing to give up part of their sovereignty for harmonisation of income taxes, specifically the personal income tax and corporate income tax. The process of harmonization concerns both unification level of rates and the administration of taxes. By unifying the tax administration in the Member States is to achieve greater effectiveness of selection, but also prevents tax evasion and fraud through greater cooperation and information. Although states have reached agreement on the harmonization of these taxes, the further development of the harmonization efforts will not be easy and is not possible in the following years. In the following years will only be possible amendment to the existing legislation and possible changes are a reaction to what is happening in the world (economic crisis, immigration). States in fact not give up their sovereign rights in the area of taxation.