Již řadu let se v rostlinné proteomice za účelem separace a kvantifikace proteinů používá dvoudimenzionální elektroforéza v polyakrylamidovém gelu (2DE). Moderním trendem je však přechod na tzv. "gel-free" metody, které se spoléhají na kapalinovou chromatografii s tandemovou hmotnostní detekcí (LC-MS/MS). Ta umožňuje nejen separaci a kvantifikaci, ale i současnou identifikaci proteinů. Tato diplomová práce se zaměřuje na aplikaci LC-MS/MS v rostlinné proteomice, přičemž teoretická část komentuje vývoj technologií, které jsou používány pro analýzu rostlinných proteinů a v experimentální části je řešena optimalizace přípravy vzorku rostlinných proteinů pro LC-MS/MS analýzu.For many years, two-dimensional gel elecrophoresis (2DE) has been well established in plant proteomics as a protein separation and quantification method. However, modern proteomics tends to gel-free technologies such as a liquid chromatography combined with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS), because it enables paralel protein separation and quantification as well as identification. This diploma thesis deals with LC-MS/MS application in plant proteomics. The theoretical part summarizes the progress of plant proteomics technologies, while the experimental part describes the optimization of the protocol of plant protein preparation for LC-MS/MS analysis.