Bakterie rodu Burkholderia a Stenotrophomonas řadíme mezi gramnegativní nefermentující tyčinky, patřící do čeledi Pseudomonadaceae. Jedná se o oportunní patogeny, které představují největší riziko při výskytu v nemocničním prostředí. Infekce se objevují nejčastěji u imunokompromitovaných pacientů nebo pacientů se závažným základním onemocněním. Cílem práce bylo využití vybraných genetických metod pro identifikaci a typizaci klinických izolátů bakterií Burkholderia cepacia complex a druhu Stenotrophomonas maltophilia.Bacteria of the genus Burkholderia and Stenotrophomonas among non-fermentative Gram-negative rods belongs to the family Pseudomonadaceae. These are opportunistic pathogens, which are dangerous mainly in the hospital environment. Infections occur most frequently in immunocompromised patients, or in patients with serious basic diseases. The aim of these thesis is exploitation of selected genetyping metods for the identifiaction and typing of clinical isolates of Burkholderia cepacia complex and Stenotrophomonas maltophilia.