Práce se zabývá analýzou genetické diverzity populací dvou druhů, Vavilovia formosa a Pisum sativum subsp. elatius. Pomocí molekulárních metod (SSR) byla zjištěna 1% heterozygotnost rodu Pisum u 253 vzorků z 11 populací a vzájemná příbuznost mezi studovanými populacemi hrachu. Genetická diverzita a příbuznost mezi jednotlivými populacemi u obou druhů byly diagnostikovány pomocí dominantních markerů AFLP. Hodnoty očekávané genetické hetorozygotnosti ve sledovaných populacích se pohybovaly v rozmezí 0,004 do 0,268 u druhu P. sativum subsp. elatius a u V. formosa 0,077 (Turecko) a 0,098 (Arménie). V případě ohroženého horského druhu Vavilovia formosa byla provedena analýza genetické diverzity pomocí sekvenační analýzy ITS a vybraných cpDNA markerů na dostupných herbářových položkách reprezentující geografický areál druhu. Úseky matK objevily 2 haplotypy druhu Vavilovia formosa, které vykazovaly částečnou geografickou strukturovanost s překryvem v Arménii a Dagestánu.The thesis analyzes the genetic diversity of populations of two species Vavilovia formosa and Pisum sativum subsp. elatius. The detected rate of heterozygosity was 1% of genus Pisum at 253 samples representing 11 populations and genetic relationship between studied populations of pea was observed using molecular methods (SSR). Genetic diversity and relationship among various populations of both species were diagnosed with dominant AFLP markers. The method revealed expected genetical heterozygosity in range of 0,004 to 0,268 (P. sativum subsp. elatius) and by V. formosa revealed 0,077 (Turkey) and 0,098 (Armenia).The analysis of the genetic diversity was performed using sequence analysis of ITS and selected cpDNA markers on the available herbarium items be a representative of geographic area species in the case of endangered mountain species Vavilovia formosa. The regions of matK discovered two haplotypes of species Vavilovia formosa which were geographically structured with overlap in Armenia and Dagestan.