Biologická rozmanitost, neboli biodiverzita je chápána jako rozmanitost života na Zemi, a to na úrovni genů, druhů a ekosystémů. Ačkoli má zásadní ekologický, ekonomický a duchovní význam pro lidstvo, začala být předmětem zájmu až v posledních desetiletích, a to v souvislosti s jejím dramatickým snižováním. Prvním důležitým dokumentem v této oblasti je Úmluva o biologické rozmanitosti, která obsahuje definici pojmu biodiverzita, požaduje její prostorovou ochranu, a zavádí významný princip ekosystémového přístupu. Kromě CBD jsou uvedeny další obecné nebo speciální mezinárodní úmluvy, a to nejen globálního charakteru, ale také regionálního. Zvýšená pozornost je v této práci však věnována mořské biodiverzitě, jelikož moře a oceány patří mezi biologicky nejbohatší prostředí. Tato práce se zabývá prostorovou ochranou mořské biodiverzity, neboli ochranou in situ. Cílem je udržení a obnovení rozmanitosti mořských organismů v jejich přirozeném prostředí. Za nejvhodnější prostředek její realizace považuji zřizování mořských chráněných oblastí. Jejich zakládání státy je však komplikováno různými právními režimy, kterým jednotlivé části moří podléhají, a z toho vyplývající různá míra práv pobřežních států. Při řešení tohoto problému je důležité vycházet primárně z kodifikace mořského práva UNCLOS, ale i dalších mezinárodních nástrojů upravujících tuto komplikovanou problematiku. Na úrovni EU lze spatřovat narůstající snahu upravit téma ochrany mořské biodiverzity. K dosažení ambiciózních cílů, které si EU stanovila však bude zapotřebí ještě značně zvýšit snahy z hlediska kvantitativního, ale též kvalitativního. Ve Středozemním moři není jeho biodiverzita dostatečně chráněna, a to díky tomu, že 60% jeho plochy je tvořeno oblastmi mimo národní jurisdikci států. Je tedy nutné přijít na vhodné řešení založené na spolupráci dotčených státu, které zajistí komplexní a efektivní ochranu středomořské biodiverzity. Již bylo navrženo několik iniciativ, kterým se stručně věnuji. Je ale třeba důsledněji se zaměřit na jejich skutečnou efektivitu a další vývoj do budoucna.Biodiversity or biological diversity is understood as a diversity of the life on the Earth, namely at the gene, species and ecosystem level. Even though it has an essential ecological, economical and intrinsic importance, biodiversity has become a point of interest in few last decades, especially in connection with its dramatic reduction. The first important document dealing with this topic is the Convention on the Biological Diversity. CBD contains a definition of biodiversity, requires its spatial protection, and introduces ecosystem approach. Besides CBD, the thesis mentions other general or specified international conventions, both on the global and regional level. Special attention is paid to marine biodiversity, as the seas and oceans belong to one of the most biologically rich environments. The thesis deals with a spatial protection of biodiversity, or protection in situ. The aim of the protection is to conserve and restore biodiversity of marine organism in their natural habitats. I found en establishment of marine protected areas as the most suitable way how to reach this aim. However, their establishment by states is complicated due to different legal regimes that apply to particular parts of the sea, and by different extent of rights belonging to the states. To solve this problem it is important to primarily look at the law of the sea codification UNCLOS, and other international tools dealing with this complicated issue. At EU level a growing effort to address a topic of marine biodiversity protection can be seen. However, to reach the ambitious aim set by the EU, it will have to increase even more its effort bot in the qualitative and quantitative way. In the Mediterranean Sea the biodiversity is not protected sufficiently, primarily due to the fact that 60% of its surface lie in the High Seas. It is therefore important to come up with a suitable solution based on cooperation among concerned states, which will ensure complex and efficient protection of Mediterranean biodiversity. In the thesis I address several possible initiatives that have been already suggested. However, it is needed to closely consider their real efficiency, and their possible future development.