V této diplomové práci se zabývám analýzou a charakteristikou polymorfních mikrosatelitových lokusů u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber), které by mohly být využity jako markery pro populační i paternitní studie. V teoretické části diplomové práce řeším problematiku systematického zařazení plameňáků, věnuji se popisu jejich života a ochrany, dále se zabývám charakteristikou mikrosatelitů a jejich využitím v ornitologických studiích a nakonec se zaměřuji na různé metody získávání mikrosatelitů od plameňáků a jim příbuzných druhů ptáků. V praktické části práce jsem testovala a charakterizovala mikrosatelity pomocí polymerázové řetězové reakce s vyžitím cross-species primerů odvozených z DNA druhů z řádu Phoenicopteriformes, Ciconiiformes a Pelecaniformes. PCR produkty jsem podrobila separaci v polyakrylamidové gelu a z výsledných elektroforetogramů jsem odečetla alelové konstituce, které jsem nakonec podrobila statistické analýze. Celkově jsem pro plameňáka karibského charakterizovala 42 nových polymorfních mikrosatelitových lokusů s počtem alel od 2 do 25. Pět z těchto lokusů jsem doporučila pro paternitní studie.In this master thesis I deal with the analysis and characterization of polymorphic microsatellite loci in Caribbean flamingo (Phoenicopterus ruber), which could be used as markers for population and paternity studies. In the theoretical part of the thesis I solve the issue of systematic inclusion of flamingos, I deal with the description of their life and protection, further I deal with the characteristics of microsatellites and their usage in ornithological studies, and finally I focuse on the various methods of obtaining microsatellites from flamingos and their related species of birds. In the practical part of the thesis I tested and characterized microsatellites by polymerase chain reaction using cross-species primers derived from the DNA of species from the order of Phoenicopteriformes, Ciconiiformes and Pelecaniformes. I electrophoretically separated PCR products in a polyacrylamide gel and I set allele constitutions from resulting electrophoretograms, which I finally statistically analysed. Overall, I characterized 42 new polymorphic microsatellite loci for Caribbean flamingo with the number of alleles from 2 to 25. I recommended five of these loci for paternity studies.