V dizertační práci byly studovány modifikace povrchu křemenných kapilár pro použití v kapilární elektroforéze. Pokrytí stěny kapiláry je potřebné pro zabránění adsorpce analytů na stěnu, což může zhoršit výsledek jejich separace. Dále jsou pokrytí stěny kapiláry využívána pro změnu směru a rychlosti elektroosmotického toku, nebo pro zprostředkování interakcí, pokud je žádána chromatografická retence. Dynamické pokrytí stěny kapiláry využívající kyselinu boritou a barnaté kationty bylo využito pro separaci diastereizomerů dekarboxylovaných nečistot S-adenosylmethioninu. Kovalentní pokrytí polyakrylamidem sloužilo pro potlačení elektroosmotického toku při separaci enantiomerů vinné kyseliny s využitím bezkontaktní vodivostní detekce. V třetí části práce byly studovány možnosti přípravě "porous layer open tubular" kolon pro kapilární elektrochromatografii. Kapilára modifikovaná tenkou vrstvou porózního polymeru byla využita pro separaci modelové směsi anorganických aniontů, změnou eluční síly základního elektrolytu bylo dosaženo změny migračního pořadí. Oproti dříve připraveným "open tubular" kolonám bylo dosaženo zlepšení kapacitních faktorů.Surface modifications of fused silica capillaries for use in capillary electrophoresis have been studied. Capillary wall coatings are essential in preventing analyte adsorption that may deteriorate the separation. Such coatings are also used for changing the direction and magnitude of the electroosmotic flow, or when interactions with the surface are desired for purpose of chromatographic retention. Barium borate based background electrolyte was used for dynamic coating for separation of diastereoisomers of decarboxylated products of S-adenosylmethionine. Covalent coating by polyacrylamide was found useful in suppressing the electroosmotic flow in enantioseparation of tartaric acid with use of contactless conductivity detection. Last part of the thesis is aimed on preparation of porous layer open tubular columns for capillary electrochromatography. Thin layer of porous polymer modified capillary was utilized for separation of a model mixture of inorganic anions. Change of the migration order was achieved by adjustment of the elution strength of the background electrolyte. Improvement in capacity factors over previously reported open tubular column was observed.