V této práci jsem se zabýval porovnáním metody kapilární elektroforézy a elektroforézy na čipu a jejich možnou aplikaci na biologicky aktivní látky. K porovnání těchto metod jsme použili skupinu fenolových kyselin, které v organismu hrají roli antioxidantů. Dále jsme volili směs sodných a draselných iontů jejichž separace je již dlouho popsána a tak budou sloužit, jako dobrá srovnávací metoda. Navíc sodné a draselné ionty jsou součástí mnoha biochemických pochodů v organismu. Separace sodných a draselných iontů byla provedena metodou zónově kapilární elektroforézy a elektroforézou na čipu. Detekce byla provedena pomocí vodivostního detektoru. U separace fenolových kyselin jsme použili metodu zónové kapilární elektroforézy s vodivostní detekcí a elektrokinetickou micelární chromatografii s použitím SDS a detekcí UV detektorem. Avšak ani jednu z metod se nám nepovedlo zopakovat na elektroforéze na čipu.In this work, I dealt with comparing the methods of a capillary electrophoresis and electrophoresis on a chip and their possible application to biologically active substances. To compare these methods, we used a group of phenolic acids, which play a role in the body. In addition, we chose a mixture of sodium and potassium ions. Their separation has long been described and serve as a good comparative method. In addition, sodium and potassium ions are involved in many biochemical processes in the body. Separation of sodium and potassium ions was performed by capillary zone electrophoresis and electrophoresis on a chip. Detection was performed by conductivity detector. The separation of phenolic acids, we used the method of capillary zone electrophoresis with conductivity detection and micellar electrokinetic chromatography and UV detection. But even one of the methods we can't repeat the on a chip electrophoresis.