Předložená práce se zabývá hmotnostní spektrometrií betalainových barviv. Teoretická část se zabývá obecně betalainy, jejich vlastnostmi, výskytem a také různými způsoby separace a identifikace těchto přírodních pigmentů. Experimentální část práce je věnována identifikaci betalainů pomocí hmotnostní spektrometrie (QqTOF systém) s ionizací MALDI, ESI (přímá infúze) a spojení kapalinové chromatografie s hmotnostní spektrometrií s ionizací ESI v různých modifikacích (C18, HILIC s využitím silikagelu, HILIC s využitím fáze TSKgel Amide) v rostlinných extraktech (červená řepa, opuncie, pitaya). Při MALDI experimentech byl nalezen a měřením přesné a správné hmotnosti iontů a kolizními experimenty jednoznačně identifikován betanin. Přímá infúze extraktů do elektrospreje umožnila identifikaci betaninu, phyllocactinu a amaranthinu, resp. gomphreninu III. Ze studovaných chromatografických systémů poskytuje nejlepší výsledky spojení UPLC-ESI-MS provedené v systému reverzních fází (C18), při kterém byl v potravinovém doplňku obsahujícím extrakt z červené řepy identifikován betanin, hylocerenin a phyllocactin.Presented thesis deals with mass spectrometry of betalain dyes. Theoretical part deals with betalains, their properties, presence and different approaches for separation and identification of these natural pigments. The experimental part is dedicated to identification of betalains by mass spectrometry with MALDI ionization, electrospray (direct infusion) and liquid chromatography coupled with mass spectrometry with ESI ionization in different modifications (C18, HILIC based on silicagel stationary phase, HILIC based TSKgel Amide stationary phase) in plant extracts (i.e. Beta Vulgaris, Opuntia, Pitaya). During MALDI experiments betanin was found and unambiguously confirmed by exact mass measurement and MS/MS experiments. Direct infusion of plant extracts into ESI allowed to identify betanin, phyllocactin and amaranthin or gomphrenin III. Among the studied chromatographic systems the best results are provided by UPLC-ESI-MS system performed in reverse phase (C18) mode. This system allowed identification of betanin, hylocerenin and phyllocactin in a food supplement containing extract from beet-root.