Tato bakalářská práce si kladla za cíl otestovat metodu pro výpočty profilů Gibbsovy energie, která bude používat Umbrella sampling techniku v kombinaci s hybridním QM/MM popisem systému a ADMP propagací vlnové funkce.Tato metoda je nejvhodnějším řešením pro studium mechanismů enzymatických a ribozomových reakcí. Velký důraz byl kladen zejména na optimalizaci časové náročnosti simulací a na spotřebu výpočetní energie, přestože námi použitá reakce (Cl- + CH3Cl -> ClCH3 + Cl-) byla relativně výpočetně nenáročná. Nicméně při použití stejné metody na velkých systémech jako jsou biomakromolekuly, mohou zabírat integrační kroky ADMP simulace mnohonásobně více času než při relativně jednoduché simulaci reakce metylchloridu s chloridovým aniontem a spolu s tím vzroste spotřeba výpočetní energie. S ohledem na tyto skutečnosti jsme se snažili nalézt nejvhodnější počet simulačních oken a nastavení jejich parametrů, abychom optimalizovali výpočetní náročnost. Cílem bylo nalézt optimální simulační čas tak, aby histogramy rozdělení pohybu podél reakční koordináty byly již zkonvergované.The aim of the bachelor thesis was testing of the method calculating Gibbs energy profile that uses Umbrella sampling method in combination with the hybrid QM/MM description and the ADMP wave function propagation. This method is the most appropriate solution for studying the mechanisms of enzymatic and ribozyme reactions. The study was focused mainly on the optimization of the time and computational demands. The applied reaction (Cl- + CH3Cl ? ClCH3 + Cl-) is computationally relatively not demanding, however, during when this method is applied on large systems such as bio-macromolecules, the ADMP integration steps will take much more computational time. Thus we tried to find the most appropriate number of simulation windows and to adjust their parameter, so that we optimized computational demands. The identified an optimal simulation time so that the distributions of motion along the reaction coordinate were already converged.