Number of the records: 1
Výpočty profilů GIbbsovy energie chemické reakce pomocí ab initio molekulové dynamiky kombinované s metodou Umbrella Sampling
Title statement Výpočty profilů GIbbsovy energie chemické reakce pomocí ab initio molekulové dynamiky kombinované s metodou Umbrella Sampling [rukopis] / Pavel Chmelař Additional Variant Titles Výpočet profilů Gibbsovy energie chemické reakce pomocí ab initio molekulové dynamiky kombinované s metodou Umbrella sampling Personal name Chmelař, Pavel (dissertant) Translated title Calculation of the Gibbs energy profile of the chemical reaction using ab initio molecular dynamic in combination with Umbrella sampling method Issue data 2012 Phys.des. 49 s. (62 353 znaků). : il., grafy, tab. + 1 CD Note Oponent Petr Jurečka Ved. práce Pavel Banáš Another responsib. Jurečka, Petr (opponent) Banáš, Pavel (thesis advisor) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor) Keywords QM/MM * Umbrella sampling * WHAM * PES * profil Gibbsovy energie * ADMP * methylchlorid * CH3Cl * Gaussian * MPW1K * QM/MM * Umbrella sampling * WHAM * PES * Gibbs energy profile * ADMP * methyl chloride * CH3Cl * Gaussian * MPW1K Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses UDC (043)378.22 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Bc. Degree program Bakalářský Degree program Chemie Degreee discipline Management v chemii book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00090481-192496566.pdf 14 1.3 MB 17.01.2012 Posudek Typ posudku 00090481-ved-301781375.jpg Posudek vedoucího 00090481-opon-641699875.jpg Posudek oponenta Průběh obhajoby datum zadání datum odevzdání datum obhajoby přidělená hodnocení typ hodnocení 00090481-prubeh-104093963.jpg 29.10.2008 17.01.2012 06.02.2012 2 Hodnocení známkou
Tato bakalářská práce si kladla za cíl otestovat metodu pro výpočty profilů Gibbsovy energie, která bude používat Umbrella sampling techniku v kombinaci s hybridním QM/MM popisem systému a ADMP propagací vlnové funkce.Tato metoda je nejvhodnějším řešením pro studium mechanismů enzymatických a ribozomových reakcí. Velký důraz byl kladen zejména na optimalizaci časové náročnosti simulací a na spotřebu výpočetní energie, přestože námi použitá reakce (Cl- + CH3Cl -> ClCH3 + Cl-) byla relativně výpočetně nenáročná. Nicméně při použití stejné metody na velkých systémech jako jsou biomakromolekuly, mohou zabírat integrační kroky ADMP simulace mnohonásobně více času než při relativně jednoduché simulaci reakce metylchloridu s chloridovým aniontem a spolu s tím vzroste spotřeba výpočetní energie. S ohledem na tyto skutečnosti jsme se snažili nalézt nejvhodnější počet simulačních oken a nastavení jejich parametrů, abychom optimalizovali výpočetní náročnost. Cílem bylo nalézt optimální simulační čas tak, aby histogramy rozdělení pohybu podél reakční koordináty byly již zkonvergované.The aim of the bachelor thesis was testing of the method calculating Gibbs energy profile that uses Umbrella sampling method in combination with the hybrid QM/MM description and the ADMP wave function propagation. This method is the most appropriate solution for studying the mechanisms of enzymatic and ribozyme reactions. The study was focused mainly on the optimization of the time and computational demands. The applied reaction (Cl- + CH3Cl ? ClCH3 + Cl-) is computationally relatively not demanding, however, during when this method is applied on large systems such as bio-macromolecules, the ADMP integration steps will take much more computational time. Thus we tried to find the most appropriate number of simulation windows and to adjust their parameter, so that we optimized computational demands. The identified an optimal simulation time so that the distributions of motion along the reaction coordinate were already converged.
Number of the records: 1