Bakalářská práce se zaměřuje na hydrobiologické posouzení řeky Moravy a Baťova kanálu v úseku od Spytihněvy po Uherské hradiště a vliv vodní dopravy na vodní ekosystémy. V rámci práce jsou sledovány hodnoty vybraných fyzikálně-chemických parametrů a množství fytoplanktonu. Výsledky jsou statisticky vyhodnoceny. Na základě statistického vyhodnocení výsledků je pak vyhodnocen vliv lodní dopravy a určen rozsah rozdílů v daných parametrech mezi řekou Moravou a Baťovým kanálem.The bachelor thesis focuses on the hydrobiological assessment of the Morava River and the Bata Canal in the section from Spytihněv to Uherské hradiště and the impact of ship transport on aquatic ecosystems. The values of selected physicochemical parameters and the amount of phytoplankton are monitored. The results are statistically evaluated. Based on the statistical evaluation of the results, the influence of ship transport is then evaluated and the extent of differences in the given parameters between the Morava River and the Bata Canal is determined.