Počet záznamů: 1
Stability of intermediate conformations between A- and B-DNA form in protein-DNA complexes
Údaje o názvu Stability of intermediate conformations between A- and B-DNA form in protein-DNA complexes [rukopis] / Jan Salomon Další variantní názvy Stabilita přechodných konformací mezi A- a B-DNA formou v komplexech proteinů s DNA Osobní jméno Salomon, Jan, (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Stability of intermediate conformations between A- and B-DNA form in protein-DNA complexes Vyd.údaje 2022 Fyz.popis 50 s. (69500 znaků) : il., grafy, tab. Poznámka Ved. práce Petr Jurečka Oponent Karel Berka Dal.odpovědnost Jurečka, Petr (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Berka, Karel, 1982- (oponent) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova DNA * molekulově dynamické simulace * silové pole * pucker * glykosidický úhel * DNA * molecular dynamic simulation * force field * pucker * glycosidic angle Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses MDT (043)378.22 Země vyd. Česko Jazyk dok. angličtina Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Bc. Studijní program Bakalářský Studijní program Chemie Studijní obor Aplikovaná chemie kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00279103-668687766.pdf 6 5.4 MB 29.04.2022 Posudek Typ posudku 00279103-ved-420606776.pdf Posudek vedoucího 00279103-opon-612221919.pdf Posudek oponenta
Molekulově dynamické simulace se používají k pochopení mechanismů funkce DNA a jejích interakcí. Jedním z důležitých mechanismů rozpoznávání DNA je přechod mezi konformacemi A a B. Aby bylo možné získat spolehlivé informace, musí být tato rovnováha popsána co nejpřesněji. Současná silová pole AMBER vykazují problémy se stabilizací A-formy a přechodných konformací. Analýza v této práci zkoumá stabilitu přechodných konformací a pokouší se najít příčiny těchto nedostatků ve dvou současných silových polích, OL15 a BSC1. K dosažení tohoto cíle byly v obou silových polích simulovány tři komplexy proteinu s DNA.Molecular dynamic simulations are used to understand the mechanisms of DNA function and its interactions. One important mechanism of DNA recognition is the transition between the A and B conformations. To produce reliable information, this equilibrium must be described precisely. Current AMBER force fields struggle to stabilize the A-form and the intermediate conformations. The analysis in this work investigates the stability of the intermediate conformation and attempts to find the causes of these shortcomings in two current force fields, OL15 and BSC1. To achieve this goal, three protein-DNA complexes were simulated in both force fields.
Počet záznamů: 1