Počet záznamů: 1
Mapování polárních interakcí v komplexech proteinů s DNA
Údaje o názvu Mapování polárních interakcí v komplexech proteinů s DNA [rukopis] / Tomáš Nesvadba Další variantní názvy Mapování polárních interakcí v komplexech proteinů s DNA Osobní jméno Nesvadba, Tomáš, (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Mapping polar interactions in protein-DNA complexes Vyd.údaje 2022 Fyz.popis 50 s. Poznámka Ved. práce Petr Jurečka Oponent Marie Zgarbová Dal.odpovědnost Jurečka, Petr (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Zgarbová, Marie (oponent) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova protein * DNA * interakce * solný můstek * molekulová dynamika * protein * DNA * interaction * salt bridge * molecular dynamics Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses MDT (043)378.22 Země vyd. Česko Jazyk dok. čeština Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Bc. Studijní program Bakalářský Studijní program Chemie Studijní obor Aplikovaná chemie kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00279037-703146798.pdf 5 1.1 MB 10.05.2022 Posudek Typ posudku 00279037-ved-936349073.pdf Posudek vedoucího 00279037-opon-414852706.pdf Posudek oponenta
Cílem práce bylo zmapovat stabilitu polárních interakcí u protein-DNA komplexů v molekulově dynamických simulacích. Celkem jsem studoval tři protein-DNA komplexy, u kterých jsem se zaměřil převážně na interakce, které se nazývají solné můstky, jež jsou zde formovány kladně nabitými aminokyselinami lysinem a argininem a záporně nabitými páteřními fosfáty v DNA. Simulace jsem realizoval v silovém poli OL15. Získané výsledky mohou v budoucnu pomoci při zpřesňování silových polí.The aim of this work was to map the stability of polar interactions in protein-DNA complexes in molecular dynamics simulations. In total, I studied three protein-DNA complexes, where I focused mainly on interactions called salt bridges, which are formed by the positively charged amino acids lysine and arginine and negatively charged backbone phosphates in DNA. The simulations were carried out in the OL15 force field. The results obtained may help to refine the force fields in the future.
Počet záznamů: 1