Čechová, Petra
Počítačové simulace Na+/K+-ATPasy a jejích interakcí s malými molekulami [rukopis] / Petra Čechová. -- 2018. -- 106 : il., grafy, schémata, tab. -- Ved. práce Martin Kubala. -- Ved. práce Martin Kubala. -- Abstrakt: Výpočetní biologie využívá znalostí struktury proteinu k vytvoření počítačového modelu, který pak slouží jako základ pro zkoumání vztahu mezi jeho strukturou a funkcí. Na+/K+-ATPasa je membránový protein, který udržuje rovnováhu iontů v buňce a je tak nezbytný pro správnou funkci lidského těla. Tato disertační práce se věnuje popisu Na+/K+-ATPasy pomocí dvou výpočetních metod. Molekulární dynamika je využita k popisu iontových cest, pohybu domén a vazbě nukleotidů. Molekulární dokování bylo použito k vysvětlení mechanismu účinku flavonolignanů a quinolinonů na tento protein.. -- Abstrakt: Computational biology utilises information of protein structure and build models that are used to study their structure-function relationship. Na+/K+-ATPase is a membrane protein essential to human body by maintaining ion balance in the cells. This thesis studies Na+/K+-ATPase by two computational methods - molecular dynamics to describe ion pathways, domain movements and nucleotide binding, and molecular docking to rationalise the interaction of flavonolignans and quinolinones with this protein.
Kubala, Martin, 1977-. Kubala, Martin, 1977-. Univerzita Palackého. Katedra biofyziky
Na+/K+-ATPasa. sodno-draselná pumpa. membránové proteiny. molekulární dynamika. docking. molekulární dokování. flavonolignany. quinolinony. výpočetní biologie. Na+/K+-ATPase. sodium-potassium pump. membrane proteins. molecular dynamics. molecular docking. flavonolignans. quinolinones. computational biology. disertace
(043.3)