Diplomová práce se zabývá problematikou systému financování zdravotnictví v České republice. Cílem práce je přiblížit způsoby a specifika financování zdravotnických institucí, definovat základní oblasti, které by měly být zohledňovány při řízení zdravotnické instituce. Základem práce je ekonomické vyhodnocení činnosti tří velkých zdravotnických institucí za období let 2006 - 2012. Výsledky práce popisují skutečnosti, které sehrávají zásadní roli v hospodaření institucí a zásadně ovlivňují výši vykázaného hospodářského výsledku za účetní období.The thesis deals with issues of the system of health care financing in the Czech Republic. Target of the thesis is to provide insight into the methods and specifics of financing of medical institutions, to define essential areas which should be taken into consideration while managing a health care institution. Base of the thesis consists in the economic assessment of operation of three large medical institutions during the period 2006 2012. The conclusion of the thesis describes factors which play capital role in the economy of the institutions and influence significantly the total of the shown economic result per accounting period.