Počet záznamů: 1
Zpracování informací z databázových a predikčních softwarových nástrojů pro anotaci necharakterizovaných proteinů pomocí bioinformatických metod
Údaje o názvu Zpracování informací z databázových a predikčních softwarových nástrojů pro anotaci necharakterizovaných proteinů pomocí bioinformatických metod [rukopis] / Alois Kozubík Další variantní názvy Zpracování informací z databázových a predikčních softwarových nástrojů pro anotaci necharakterizovaných proteinů pomocí bioinformatických metod Osobní jméno Kozubík, Alois, (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Compiling predicted data and database information for annotation of unknown proteins by using bioinformatic methods Vyd.údaje 2019 Fyz.popis 34 Poznámka Oponent Martin Raus Ved. práce Zdeněk Perutka Dal.odpovědnost Raus, Martin, (oponent) Perutka, Zdeněk, (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra biochemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova Proteom * proteomika * BLAST * CELLO2GO * NucPred * Protein Cutter * WegoLoc * LOCALIZER * NSAF * Python * Biopython * ExPASy * UniProt * Swiss-Prot * Hordeum vulgare * hmotnostní spektrometrie * Proteome * proteomics * BLAST * CELLO2GO * NucPred * Protein Cutter * WegoLoc * LOCALIZER * NSAF * Python * Biopython * ExPASy * UniProt * Swiss-Prot * Hordeum vulgare * mass spectrometry Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses MDT (043)378.22 Země vyd. Česko Jazyk dok. čeština Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Bc. Studijní program Bakalářský Studijní program Biochemie Studijní obor Bioinformatika kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00225346-710385211.pdf 13 1.1 MB 21.05.2019 Posudek Typ posudku 00225346-ved-712608890.pdf Posudek vedoucího 00225346-opon-100126169.pdf Posudek oponenta
Cílem této práce je vytvoření programu, který usnadní a částečně automatizuje proces anotace nepopsaných proteinů z ječmene setého (Hordeum vulgare) identifikovaných na základě analýzy štěpných peptidů technikou tandemové hmotnostní spektrometrie spojené s kapalinovou chromatografií. Hlavní důraz při anotaci bude kladen možnosti vyhledání a zhodnocení informací, zda se neznámé proteiny vyskytují v buněčném jádře. Proces anotace bude založen na použití bioinformatického nástroje pBLAST (protein Basic Local Alignment Search Tool) k nalezení podobných, již popsaných proteinů v databázi Swiss-Prot. Souběžně s tím budou proteinové sekvence analyzovány pomocí nástrojů sloužících k predikci lokalizace (CELLO2GO, LOCALIZER, NucPred a WegoLoc) a k výpočtu základních fyzikálních vlastností proteinů (Protein Cutter).The goal of this thesis is to design and develop a program that could automate the proces of annotation of unknown proteins obtained by LC-MS/MS analysis from common barley (Hordeum vulgare). The main focus during the annotation proces shall be to dertermine if the proteins are expected to be localized within the nucleus. The annotation process will be based upon the use of pBLAST tool for finding homologous proteins inside the Swiss-Prot database. The proteins will be simultaneously analyzed by localization prediction tools CELLO2GO, LOCALIZER, WegoLoc and NucPred and by a physical attributes calculation tool Protein Cutter.
Počet záznamů: 1