Tématem diplomové práce jsou unijní agentury a jejich postavení v institucionálním rámci EU, zaměřené především na vymezení jejich vztahu a rozdělení pravomocí mezi unijní agentury a hlavní instituce EU. Pro výše zmíněnou analýzu jsou zvoleny dvě unijní agentury- Europol a Eurojust. Hlavním teoretickým východiskem práce je teorie nového institucionalismu, která obnovuje studium a význam institucí v procesu evropské integrace a její institucionální strukturu. Při vymezení vztahů mezi jednotlivými institucemi se často používá tzv. principal- agent model, který zkoumá delegování pravomocí na instituce. Tento model aplikuji i na výše zvolené agentury EU, které vznikly v třetím mezivládním pilíři, kdy došlo k přenesení pouze omezených pravomocí, což ovlivňuje jejich fungování v institucionálním rámci EU. Vznik evropských agentur v posledních desetiletích je často označován jako jeden z nejvýznamnějších momentů ve vývoji institucionálního prostředí EU. Obecným důvodem, proč tyto agentury vznikly, byla především reakce na prohlubování vnitřního trhu EU, které sebou přineslo značné množství nových úkolů v různých oblastech politik. Vedle hlavních institucí EU existuje řada subjektů, které vykonávají specializované funkce a úkoly, mezi které patří i specializované agentury a decentralizované orgány, které plní řadu technických, výzkumných a řídících úkolů. Regulační agentury jsou obecně definovány jako " specializované a decentralizované agentury, které řeší nové úkoly právního, technického nebo vědeckého charakteru a mají napomáhat členským státům EU a jejím občanům". I tyto regulační agentury se dají dále rozdělit do tří skupin, a to na Agentury pro jednotlivé oblasti politik, Agentury společné bezpečnostní a obranné politiky a Agentury pro spolupráci policejních a soudních orgánů v trestních věcech. Toto rozdělení odpovídá bývalé pilířové struktuře EU, která byla zrušena Lisabonskou smlouvou. Poslední skupina agentur pro spolupráci policejních a soudních orgánů v trestních věcech je pro práci klíčová, neboť je tvořena již zmiňovaným Europolem a Eurojustem. Pro vymezení vztahů dvou konkrétních agentur a hlavních institucí EU jsem si zvolila skupinu agentur, která působí v oblasti justiční a policejní spolupráci EU, respektive v prostoru svobody, bezpečnosti a práva. Jelikož byla tato oblast spolupráce nejprve zařazena do třetího pilíře, který fungoval na mezivládním principu, a tudíž to byly členské státy, které byly zodpovědné za provádění této politiky, vznik a fungování obou agentur byl a stále je založen na mezivládním přístupu. S přijetím Lisabonské smlouvy sice fakticky došlo ke zrušení pilířové struktury a k určité komunitarizaci oblasti s posílenými pravomocemi Evropského parlamentu, nicméně členské státy si v některých oblastech ponechaly výjimku v podobě jednomyslného rozhodování.The thesis deals with the EU agencies and their position in the EU institutional framework, which focused on defining their relationship and division of powers between the EU's main institutions and agencies of the EU. For the above analysis are selected by two EU agencies, Europol and Eurojust. The main theoretical basis of this work is the theory of new institutionalism, which restores the importance of study and institutions in the process of European integration and its institutional structure. When defining the relationship between institutions is often used so-called principal-agent model, which examines the delegation of powers to institutions. This model is also applied to a selected amount of EU agencies, which originated in the intergovernmental third pillar, which was only limited transfer of powers, which affect their functioning in the EU institutional framework. The emergence of European agencies in the last decades is often referred to as one of the most important moments in the development of the institutional environment of the EU. The general reason why these agencies were created, was mainly responding to the deepening of the EU internal market, which has brought a considerable number of new tasks in different policy areas. Besides the main EU institutions, there are a number of entities that perform specialized functions and tasks, including specialized agencies and decentralized bodies which perform a number of technical, research and management tasks. Regulatory agencies are generally defined as "specialized and decentralized agencies that address the new challenges the legal, technical or scientific nature, and to help the Member States of the EU and its citizens." Even these regulatory agencies can be further divided into three groups, namely the Agency for each policy, the Agency and the Common Security and Defence Policy, the Agency for the cooperation of police and judicial cooperation in criminal matters. This distribution corresponds to the former EU pillar structure, which was repealed by the Treaty of Lisbon. The last group of agencies for cooperation between police and judicial cooperation in criminal matters is crucial for the work, as already mentioned is made up of Europol and Eurojust. For defining relations between two specific agencies and the main EU institutions, I chose a group of agencies that operate in the area of judicial and police cooperation between the EU, respectively, in the area of freedom, security and justice. Since this area of cooperation was first included in the third pillar, which operated on the principle of intergovernmental and, therefore, that the Member States who were responsible for implementing this policy, the establishment and functioning of both agencies was and still is based on an intergovernmental approach. With the adoption of the Lisbon Treaty, although in fact there has been a pillar structure and to repeal certain communitarisation area with enhanced powers of the European Parliament, but Member States in some areas retain an exception to the unanimous decision.