Počet záznamů: 1
Methodology and application of quantitative microRNA analysis
Údaje o názvu Methodology and application of quantitative microRNA analysis [rukopis] / Peter Androvič Další variantní názvy Vývoj a aplikace nové metody pro analýzu miRNA Osobní jméno Androvič, Peter, (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Development and application of novel method for miRNA analysis Vyd.údaje 2020 Fyz.popis 64 + I. Androvic, P., Valihrach, L., Elling, J., Sjoback, R., and Kubista, M. (2017). Two-tailed RT-qPCR: a novel method for highly accurate miRNA quantification. Nucleic Acids Research 45, e144-e144 II. Androvic, P., Romanyuk, N., Urdzikova-Machova, L., Rohlova, E., Kubista, M., and Valihrach, L. (2019). Two-tailed RT-qPCR panel for quality control of circulating microRNA studies. Scientific Reports 9, 4255. III. Androvic, P.*, Benesova, S.*, Kubista, M., Valihrach, L. (2020). Performance comparison of small RNA-Seq library preparation methods for biofluid samples. Manuscript in preparation. *These authors contributed equally IV. Valihrach, L., Androvic, P., Kubista, M. (2019). Circulating miRNA Analysis for Cancer Diagnostics and Therapy. Molecular Aspects of Medicine, https://doi.org/10.1016/j.mam.2019.10.002. V. Androvic, P., Kirdajova, D., Tureckova, J., Zucha, D., Rohlova, E., Abaffy, P., Kriska, J., Anderova, M., Kubista, M., and Valihrach, L. (2019). Decoding the transcriptional response to ischemic stroke in young and aged mouse brain. BioRxiv 769331. Online preprint. Manuscript is under review in an international peer-reviewed journal Poznámka Ved. práce Mikael Kubista Dal.odpovědnost Kubista, Mikael, (školitel) Dal.odpovědnost Laboratoř růstových regulátorů (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova mikroRNA * miRNA * RT-qPCR * RNA-Seq * kontrola kvality * biopsie tělních tekutin * mozková ischemie * poranění míchy * microRNA * miRNA * RT-qPCR * RNA-Seq * quality control * liquid biopsies * ischemic stroke * spinal cord injury Forma, žánr disertace dissertations MDT (043.3) Země vyd. Česko Jazyk dok. angličtina Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Ph.D. Studijní program Doktorský Studijní program Biologie Studijní obor Experimentální biologie kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00215840-894981703.pdf 22 32 MB 23.03.2020 Posudek Typ posudku work-5748report-androvic.pdf Posudek oponenta 00215840-ved-389397903.pdf Posudek vedoucího 00215840-opon-795082238.pdf Posudek oponenta Průběh obhajoby datum zadání datum odevzdání datum obhajoby přidělená hodnocení typ hodnocení 00215840-prubeh-456801073.pdf 05.09.2015 23.03.2020 15.06.2020 S 2 Ostatní přílohy Velikost Popis work-5748Supplements_merged.pdf 24.5 MB
MikroRNA (miRNA) jsou malé nekódující RNA, které slouží jako důležité regulátory genové exprese na posttranskripční úrovni. Jejich dysregulace provází mnohé fyziologické a patologické stavy, včetně poruch vývoje, rakoviny nebo neurologických onemocnění. Kromě toho jsou miRNA stabilní v tělních tekutinách, což jim dává velký potenciál jako minimálně invazivním klinický biomarkerům. Všechny tyto způsoby uplatnění vyžadují přesné a citlivé metody pro kvantifikaci hladin miRNA. Spolehlivá kvantifikace miRNA je však náročná kvůli jejich přirozeným vlastnostem a preanalytickým krokům, které jsou zdrojem chyb. Tato práce se zaměřuje na zlepšení metod kvantifikace miRNA. Představuje novou, vysoce specifickou a cenově efektivní RT-qPCR metodu, nový nástroj pro kontrolu kvality studií zaměřených na analýzu cirkulujících miRNA a komplexně vyhodnocuje vlastnosti komerčních metod pro přípravu knihoven pro sekvenování miRNA. Dále jsou tyto techniky spolu s komplementárními metodami aplikovány v biologických modelech za účelem porozumění změn exprese mRNA a miRNA při poškození centrálního nervového systému (CNS). Souhrnem jsou v rámci této práce představeny nové nástroje pro spolehlivou analýzu miRNA a prezentovány nové poznatky o mechanismech poškození CNS.MicroRNAs (miRNAs) are a class of small non-coding RNAs that serve as important regulators of gene expression at the posttranscriptional level. Their dysregulation is implicated in many physiological and pathological conditions including development, cancer or neurological disease. In addition, miRNAs are stable in body fluids and pose a great potential to serve as minimally invasive clinical biomarkers. All these applications require precise and sensitive methods to quantify miRNA levels. However, reliable miRNA quantification is challenging due to their inherent properties as well as various pre-analytical variables that are sources of bias. This thesis focuses on improvement of miRNA quantification workflows. It presents novel specific and cost-effective RT-qPCR system, novel tool for quality control of circulating miRNA studies, and it comprehensively evaluates the performance of commercial library preparation methods for miRNA sequencing. Next, these and complementary techniques are applied in biological models to unravel mRNA and miRNA expression changes after injuries to the central nervous system (CNS). Taken together, this thesis provides novel tools for reliable miRNA analysis and provides new insights to the mechanisms underlying CNS injuries.
Počet záznamů: 1