Počet záznamů: 1
Identifikace a analýza alternativního sestřihu v transkriptomu ječmene
Údaje o názvu Identifikace a analýza alternativního sestřihu v transkriptomu ječmene [rukopis] / Gabriela Majzlíková Další variantní názvy Identifikace a analýza alternativního sestřihu v transkriptomu ječmene Osobní jméno Majzlíková, Gabriela, (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Identification and analysis of alternative splicing in barley trancriptome Vyd.údaje 2018 Fyz.popis 54 : grafy, tab. + CD ROM Poznámka Oponent Ondřej Plíhal Ved. práce Filip Zavadil kokáš Dal.odpovědnost Plíhal, Ondřej (oponent) Zavadil kokáš, Filip, (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra biochemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova ječmen * cytokininy * stres suchem * alternativní sestřih * bioinformatika * barley * cytokinins * drought stress * alternative splicing * bioinformatics Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses MDT (043)378.22 Země vyd. Česko Jazyk dok. čeština Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Bc. Studijní program Bakalářský Studijní program Biochemie Studijní obor Bioinformatika kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00217069-209312533.pdf 25 2.2 MB 22.03.2018 Posudek Typ posudku 00217069-ved-692065392.pdf Posudek vedoucího 00217069-opon-960374389.pdf Posudek oponenta
Studium alternativního sestřihu hraje důležitou roli v mnoha výzkumných projektech prováděných na pracovištích molekulární biologie. V rámci bakalářské práce byla vypracována literární rešerše na téma detekce a kvantifikace alternativního sestřihu. Kvalitativní a kvantitativní detekce alternativního sestřihu byl studován v rostlinách transgenního ječmene setého, který obsahoval gen AtCKX1 pod kořenově specifickým promotorem a který byl podroben stresu suchem. Pro analýzu byly použity programy Cufflinks a StringTie. Na základě kvalitativní analýzy izoforem byly zjištěny rozdílné údaje v počtu detekovaných izoforem což bylo způsobeno rozdílným přístupem softwarů k jejich detekci. Pro kvantitativní analýzu izoforem byly vybrány geny CKX (cytokinin oxidáz/reduktáz) u nichž byla následně provedena analýza, zda u nich dochází k odlišnému alternativnímu sestřihu v průběhu vystavení stresu suchem. Výsledky ukazují, že v případě srovnání WT a mutantních rostlin nedochází ve sledovaných časových bodech k výrazným změnám v expresi izoforem sledovaných genů. Zajímavé údaje byly ovšem zjištěny při sledování změn exprese těchto izoforem v průběhu stresu a následném revitalizačním procesu což ukazuje na zapojení studovaných izoforem do procesu adaptace rostlin při vystavení stresu suchem.Studies of alternative splicing plays an important role in many research projects carried out at the workplaces of molecular biology. In the framework of the bachelor's thesis was prepared a literature search on the topic detection and quantification of alternative splicing. Qualitative and quantitative alternative splicing detection was studied in transgenic barley plants that contained the AtCKX1 gene under the root-specific promoter and which was subjected to drought stress. For analysis were used the programs Cufflinks and StringTie. Based on qualitative analysis of isoforms have been identified differing data in the number of detected isoforms which was caused by differences in the access software for their detection. CKX genes (cytokinin oxidase / reductase) were selected for quantitative isoform analysis and analyzed whether there was any alternative splicing during dry stress. The results show that, in the case of the comparison of WT and mutant plants, in the monitored time points there were not significant changes in the expression of the isoforms of the monitored genes. Interesting data were found in monitoring changes in the expression of these isoforms during stress and subsequent revitalization process, indicating the involvement of the studied isoforms in the process of plant adaptation when exposed to drought stress.
Počet záznamů: 1