Počet záznamů: 1
Behavior of Membrane Anchored Cytochromes P450
Údaje o názvu Behavior of Membrane Anchored Cytochromes P450 [rukopis] / Veronika Navrátilová Další variantní názvy Chování membránově kotvených cytochromů P450 Osobní jméno Navrátilová, Veronika (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Behavior of Membrane Anchored Cytochromes P450 Vyd.údaje 2018 Fyz.popis 102 s : il., grafy, tab. Poznámka Ved. práce Michal Otyepka Ved. práce Michal Otyepka Dal.odpovědnost Otyepka, Michal, 1975- (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Otyepka, Michal, 1975- (školitel) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova cytochrom P450 * kanál * tunel * molekulová dynamika * MOLE * cytochrome P450 * channel * tunnel * molecular dynamics * MOLE Forma, žánr disertace dissertations MDT (043.3) Země vyd. Česko Jazyk dok. angličtina Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Ph.D. Studijní program Doktorský Studijní program Chemie Studijní obor Fyzikální chemie kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00193401-816941903.pdf 45 19.4 MB 29.03.2018 Posudek Typ posudku 00193401-ved-810808399.pdf Posudek vedoucího 00193401-opon-554425462.pdf Posudek oponenta Průběh obhajoby datum zadání datum odevzdání datum obhajoby přidělená hodnocení typ hodnocení 00193401-prubeh-941986254.pdf 01.09.2009 29.03.2018 08.06.2018 S 2
Cytochromy P450 (CYP) jsou enzymy podílející se na metabolismu většiny cizorodých látek v lidském těle, ať už se jedná např. o léčiva, či polutanty vyskytující se v životním prostředí. Savčí CYP metabolizující cizorodé látky jsou membránově kotveny v endoplasmatickém retikulu. Transport látek z hydrofobního prostředí membrány do hluboce zanořené kavity aktivního místa je zprostředkován sítí kanálů, které zajišťují jak příjem substrátů, tak výstup metabolitů. Všechny tyto procesy je možno sledovat pomocí nástrojů výpočetní chemie např. metodami molekulární dynamiky (MD) či specializovanými bioinformatickými nástroji pro identifikaci a analýzu kanálů (např. MOLE). Oba tyto přístupy lze navíc vzájemně propojit, čímž lze získat nástroj umožňující popis energetiky celého procesu průchodu molekuly z membrány do aktivního místa CYP a také výstup jejich metabolitů kanály, a navíc identifikovat kanál, který je pro průchod dané látky nejvhodnější. Přístupy použité v rámci této disertační práce mohou pomoci při objasnění struktury a dynamiky membránově kotvených cytochromů P450 a kombinací MD a nástroje MOLE lze také získat další informace potřebné k vysvětlení potenciálního mechanismu vazby ligandu do aktivního místa CYP a určení vhodné výstupní cesty metabolitů. Takto získané informace a výpočetní postupy lze použít např. při návrhu nových léčiv s ohledem na jejich metabolismus, popřípadě při racionálním návrhu nových enzymů s námi požadovanými vlastnostmi přístupových či výstupních kanálů.The cytochromes P450 (CYP) are enzymes involved in the metabolism of most xenobiotics in the human body such as drugs or some environmental pollutants. Mammalian CYPs metabolizing xenobiotics are membrane-attached to the endoplasmic reticulum. The transport of molecules from the membrane hydrophobic core towards CYP's deeply buried active site cavity is provided by the network of transportation channels managing substrate ingress and metabolite egress. These processes can be studied by the computational chemistry methods such as molecular dynamics (MD) or specialized bioinformatics tools which allow identification and characterization of channels leading to the active site (e.g. MOLE). Both approaches can be combined and together allow the detailed description of the substrate uptake from the membrane to the CYP active site and metabolite egress to cytosol. Moreover, combination of software tools also allows to obtain the energetics of the whole process of compound permeation through the network of channels to identify the most favorable path. In this thesis, these approaches were successfully used for elucidation of the structure and dynamics of the membrane-attached cytochromes P450 and the combination of the MD and MOLE helped us to explain the potential binding mechanism of the ligands to the CYP active site and to evaluate metabolite's egress paths. The data and processes presented in this thesis may be therefore used e.g. in the in silico drug design including drug metabolism and for rational design of new enzymes with desirable properties of their access/egress channels.
Počet záznamů: 1