Počet záznamů: 1  

Struktura a vizualizace proteinových tunelů

  1. Údaje o názvuStruktura a vizualizace proteinových tunelů [rukopis] / Anna Špačková
    Další variantní názvyStruktura a vizualizace proteinových tunelů
    Osobní jméno Špačková, Anna, (autor diplomové práce nebo disertace)
    Překl.názStructure and visualization of protein tunnels
    Vyd.údaje2022
    Fyz.popis81 : grafy, tab.
    PoznámkaVed. práce Karel Berka
    Oponent Radka Svobodová
    Dal.odpovědnost Berka, Karel, 1982- (vedoucí diplomové práce nebo disertace)
    Svobodová, Radka, (oponent)
    Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra biochemie (udelovatel akademické hodnosti)
    Klíč.slova Tunely * póry * kanály * protein * aminokyselina * enzym * substrát * transport * fyzikálně-chemické vlastnosti * úzké hrdlo * molekula * ionty * ligandy * Tunnels * pores * channels * protein * aminoacid * enzyme * substrate * transport * physico-chemical properties * bottleneck * molecule * ions * ligands
    Forma, žánr diplomové práce master's theses
    MDT (043)378.2
    Země vyd.Česko
    Jazyk dok.čeština
    Druh dok.PUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitulMgr.
    Studijní programNavazující
    Studijní programBiochemie
    Studijní oborBioinformatika
    kniha

    kniha

    Kvalifikační práceStaženoVelikostdatum zpřístupnění
    00271415-155602116.pdf242.5 MB19.05.2022
    PosudekTyp posudku
    00271415-ved-829821042.pdfPosudek vedoucího
    00271415-opon-301283072.pdfPosudek oponenta
    Průběh obhajobydatum zadánídatum odevzdánídatum obhajobypřidělená hodnocenítyp hodnocení
    00271415-prubeh-541373219.pdf19.10.202019.05.202216.06.2022Hodnocení známkou
    Ostatní přílohyVelikostPopis
    00271415-other-856259887.zip35.5 MB

    Práce analyzuje struktury tunelů v proteinech v databázi ChannelsDB a z výsledků MOLEonline spolu s jejich vlastnostmi a predikcí možných procházejících molekul. Dalším cílem bylo napsat program, který vizualizuje tunely ve 2D reprezentaci spolu s aminokyselinovým zastoupením na povrchu tunelu v proteinech. Dosažení výsledků bylo uskutečněno především pomocí vlastních kódů napsaných v programovacím jazyce Python, výsledků výpočtu z MOLEonline a dat uložených v ChannelsDB. Výsledky umožňují jednodušší integraci dat o tunelech v proteinech do databáze ChannelsDB.This work analyzes the structures of tunnels in proteins in the ChannelsDB database and results from MOLEonline, along with their properties and predictions of possible passing molecules. Another goal was to write a program that visualizes tunnels in a 2D representation along with the amino acid representation on the tunnel surface in proteins. Achieving the results was primarily accomplished using custom codes written in the Python programming language, computational results from MOLEonline, and data stored in ChannelsDB. The results allow for easier integration of the protein tunnel data into the ChannelsDB database

Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.