Počet záznamů: 1
Struktura a vizualizace proteinových tunelů
Údaje o názvu Struktura a vizualizace proteinových tunelů [rukopis] / Anna Špačková Další variantní názvy Struktura a vizualizace proteinových tunelů Osobní jméno Špačková, Anna, (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Structure and visualization of protein tunnels Vyd.údaje 2022 Fyz.popis 81 : grafy, tab. Poznámka Ved. práce Karel Berka Oponent Radka Svobodová Dal.odpovědnost Berka, Karel, 1982- (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Svobodová, Radka, (oponent) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra biochemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova Tunely * póry * kanály * protein * aminokyselina * enzym * substrát * transport * fyzikálně-chemické vlastnosti * úzké hrdlo * molekula * ionty * ligandy * Tunnels * pores * channels * protein * aminoacid * enzyme * substrate * transport * physico-chemical properties * bottleneck * molecule * ions * ligands Forma, žánr diplomové práce master's theses MDT (043)378.2 Země vyd. Česko Jazyk dok. čeština Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Mgr. Studijní program Navazující Studijní program Biochemie Studijní obor Bioinformatika kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00271415-155602116.pdf 24 2.5 MB 19.05.2022 Posudek Typ posudku 00271415-ved-829821042.pdf Posudek vedoucího 00271415-opon-301283072.pdf Posudek oponenta Průběh obhajoby datum zadání datum odevzdání datum obhajoby přidělená hodnocení typ hodnocení 00271415-prubeh-541373219.pdf 19.10.2020 19.05.2022 16.06.2022 Hodnocení známkou Ostatní přílohy Velikost Popis 00271415-other-856259887.zip 35.5 MB
Práce analyzuje struktury tunelů v proteinech v databázi ChannelsDB a z výsledků MOLEonline spolu s jejich vlastnostmi a predikcí možných procházejících molekul. Dalším cílem bylo napsat program, který vizualizuje tunely ve 2D reprezentaci spolu s aminokyselinovým zastoupením na povrchu tunelu v proteinech. Dosažení výsledků bylo uskutečněno především pomocí vlastních kódů napsaných v programovacím jazyce Python, výsledků výpočtu z MOLEonline a dat uložených v ChannelsDB. Výsledky umožňují jednodušší integraci dat o tunelech v proteinech do databáze ChannelsDB.This work analyzes the structures of tunnels in proteins in the ChannelsDB database and results from MOLEonline, along with their properties and predictions of possible passing molecules. Another goal was to write a program that visualizes tunnels in a 2D representation along with the amino acid representation on the tunnel surface in proteins. Achieving the results was primarily accomplished using custom codes written in the Python programming language, computational results from MOLEonline, and data stored in ChannelsDB. The results allow for easier integration of the protein tunnel data into the ChannelsDB database
Počet záznamů: 1