Počet záznamů: 1
Návrh struktur vybraných makromolekul metodami výpočetní chemie
Údaje o názvu Návrh struktur vybraných makromolekul metodami výpočetní chemie [rukopis] / Jan Pauswang Další variantní názvy Návrh struktur vybraných makromolekul metodami výpočetní chemie Osobní jméno Pauswang, Jan (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Design of macromolecular structures using computational methods Vyd.údaje 2018 Fyz.popis 47 Poznámka Oponent Karel Berka Ved. práce Petra Kührová Dal.odpovědnost Berka, Karel, 1982- (oponent) Kührová, Petra (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova molekulová mechanika * molekulová dynamika * Amber * polymeráza * cytomegalovirus * model polymerázy * molecular mechanics * molecular dynamics * Amber * polymerase * cytomegalovirus * polymerase's model Forma, žánr diplomové práce master's theses MDT (043)378.2 Země vyd. Česko Jazyk dok. čeština Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Mgr. Studijní program Navazující Studijní program Chemie Studijní obor Materiálová chemie kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00219971-398619167.docx 136 33.2 MB 04.05.2018 Posudek Typ posudku 00219971-ved-196886021.pdf Posudek vedoucího 00219971-opon-614890374.docx Posudek oponenta
Práce se zabývá vytvořením modelů polymerázy cytomegaloviru. Při vytváření modelu byl pro návrh struktury použit program I-TASSER. Simulace modelů probíhaly pomocí výpočtů založených na principech molekulové mechaniky v programu Amber. Templáty, na jejichž základě byly pomocí programu I-TASSER vytvořeny modely polymerázy, odpovídaly kódům 2gv9, 3iay a 4flw v PDB databázi. Byly vytvořeny dva modely polymerázy cytomegaloviru obsahující DNA. Jeden model obsahoval DNA v exonukleázové formě. Druhý model obsahoval DNA v polymerázové formě.In this work the generating of model of polymerase of cytomegalovirus was studied. I-TASSER program was used to prediction of polymerase structure. Simulation of models were performed with program Amber using molecular mechanism principles. Structure of models is based on concrete structures of herpesvirus polymerase (2gv9), yeast (3iay) and archaebacteria (4flw). Models were prepared with DNA in two modes. First model was prepared with DNA in the polymerizing mode. Second model was prepared with DNA in editing mode.
Počet záznamů: 1