Počet záznamů: 1
Molekulové modelování UDP-glukuronosyltransferáz
Údaje o názvu Molekulové modelování UDP-glukuronosyltransferáz [rukopis] / Štěpán Helmer Další variantní názvy Molekulové modelování UDP-glukuronosyltransferáz Osobní jméno Helmer, Štěpán (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Molecular modelling of UDP-glucuronosyltransferases Vyd.údaje 2017 Fyz.popis 34 Poznámka Ved. práce Karel Berka Oponent Martin Šrejber Dal.odpovědnost Berka, Karel, 1982- (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Šrejber, Martin (oponent) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra buněčné biologie a genetiky (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova UGT * homologní modelování * molekulárně dynamické simulace * molekulové dokování * UGT * homology modelling * molecular dynamics simulations * molecular docking Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses MDT (043)378.22 Země vyd. Česko Jazyk dok. čeština Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Bc. Studijní program Bakalářský Studijní program Biologie Studijní obor Molekulární a buněčná biologie kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00217486-947722231.pdf 42 2.3 MB 12.05.2017 Posudek Typ posudku 00217486-ved-973029576.pdf Posudek vedoucího 00217486-opon-187618585.pdf Posudek oponenta Signatura Čár.kód Lokace Dislokace Info BP-KBB/283 (PřF-KBO) 3134520428 PřF-Holice PřF, Knihovna Holice - sklad pouze prezenčně
Náplní této bakalářské práce byla literární rešerše a zkoumání struktury UDP-glukuronosyltransferáz (UGT) in silico metodami. V teoretické části práce jsem shromáždil dosavadní informace o UGT, tedy o jejich významu při metabolismu xenobiotik, jejich názvosloví, o mechanismu glukuronizační reakce, kterou UGT zprostředkovávají, dále o struktuře UGT2B7, na kterou je tato práce zaměřena. V praktické části popisuji programy, které jsem ve své práci použil. Ve výsledcích pak komentuji model UGT2B7 vytvořený programem I-TASSER. Ten jsem následně zanořil do membrány a ve formě monomeru i dimeru vložil do molekulové dynamiky. Následně jsem vyhledával dutiny vedoucí k aktivnímu místu. Do těchto dutin jsem poté pomocí molekulového dokování vkládal molekuly UDP-glukuronové kyseliny a ibuprofenu a počítal tak jejich afinitu k aktivnímu místu. V závěru jsem na základě výsledků vyvodil, jakým způsobem UGT dimerizují a proč.The goal of this thesis is exploration of UDP-glucuronosyltransferase (UGT) structure by in silico methods. In theoretical part of thesis, I have assembled information about UGT, specifically about their importance in xenobiotic metabolism, their nomenclature, mechanism of glucuronization reaction and about structure of UGT2B7. In practical part, I have described applied programs. In result section, I have commented the model of UGT2B7, which has been generated by I-TASSER. I have embedded it to a membrane in form of monomer and dimer and analysed it with molecular dynamic simulations. Snapshots from the simulations were then used for active site cavity detection prior molecular docking. Lastly, I have used molecular docking of ibuprofen and UDP-glucuronic acid to detected cavities to measure their affinities toward active site. Finally, UGT dimerization is discussed.
Počet záznamů: 1