Počet záznamů: 1
Srovnání silových polí pro studium biologických membrán
Údaje o názvu Srovnání silových polí pro studium biologických membrán [rukopis] / Martin Šrejber Další variantní názvy Srovnání silových polí pro studium biologických membrán Osobní jméno Šrejber, Martin (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Validation of force-fields for biological membranes Vyd.údaje 2014 Fyz.popis 1 CD ROM Poznámka Ved. práce Karel Berka Dal.odpovědnost Berka, Karel, 1982- (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova biologické membrány * molekulárně dynamické simulace * silová pole * biological membranes * molecular dynamics simulations * force fields Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses MDT (043)378.22 Země vyd. Česko Jazyk dok. čeština Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Bc. Studijní program Bakalářský Studijní program Chemie Studijní obor Aplikovaná chemie kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00186790-706586131.pdf 21 1.3 MB 12.05.2014 Posudek Typ posudku 00186790-ved-525140144.pdf Posudek vedoucího 00186790-opon-970106311.doc Posudek oponenta
Biologické membrány jsou nezbytné pro život buněk, protože určují hranice mezi vnitřním prostředím buňky a okolím. Biologické membrány jsou tvořeny lipidovými dvojvrstvami s vnořenými membránovými proteiny, přičemž nejčastějšími lipidovými typy jsou fosfatidylcholiny. V této práci jsme analyzovali model lipidové dvojvrstvy tvořené dioleoylfosfatidylcholinem (DOPC) pomocí molekulárně dynamických (MD) simulací. Silová pole jsou parametrizované funkce potenciálních energií používané v MD simulacích, přičemž různá silová pole poskytují rozdílné chování lipidových dvojvrstev. V této práci jsme se soustředili na zhodnocení výsledků jednotlivých silových polí v porovnání s experimentálně dostupnými údaji. Mezi tyto údaje patřily například plocha lipidu, objem lipidu, různé druhy tlouštěk membrány, stupně uspořádanosti uhlíku a laterální difúze lipidů. Na základě tohoto srovnání jsme byli schopni vybrat silová pole, která nejlépe reprodukují vlastnosti reálných membrán.Biological membranes play the key role in cell survival as they divide cell interior and its surrounding environment. The typical structure of biological membrane is lipid bilayer with embedded proteins. Major lipid components in mammals are phosphatidylcholines. Here, we analysed dioleoylphosphatidylcholine (DOPC) bilayer by means of molecular dynamics (MD) simulations. MD simulations use parameters and potential functions which are called "force field". The different force fields can generally show different behaviour of lipid bilayers. In this work, we have tried to validate several lipid force fields with experimental evidence, such as area per lipid (AL), volume per lipid (VL), several membrane thickness parameters, lipid order parameters (SCD) and lipid lateral diffusion. Finally, we were able to select force fields that reproduce experimental behaviour of real biological membrane.
Počet záznamů: 1