Počet záznamů: 1
Interakce malých hairpin formujících RNA molekul s povrchem grafenu
Údaje o názvu Interakce malých hairpin formujících RNA molekul s povrchem grafenu [rukopis] / Martin Vondrák Další variantní názvy Interakce malých hairpin formujících RNA molekul s povrchem grafenu Osobní jméno Vondrák, Martin, (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Interaction of small hairpin-forming RNA molecules with graphene surface Vyd.údaje 2019 Fyz.popis 55 s. (44 580 znaků) : il., grafy, tab. Poznámka Ved. práce Martin Pykal Oponent Michal Langer Dal.odpovědnost Pykal, Martin, (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Langer, Michal, (oponent) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra analytické chemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova RNA * hairpin * grafen * molekulová dynamika * konformační chování * RNA * hairpin * graphene * molecular dynamics * conformational behavior Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses MDT (043)378.22 Země vyd. Česko Jazyk dok. čeština Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Bc. Studijní program Bakalářský Studijní program Chemie Studijní obor Chemie kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00246862-961932409.pdf 47 22.9 MB 30.04.2019 Posudek Typ posudku 00246862-ved-274865427.pdf Posudek vedoucího 00246862-opon-258372494.pdf Posudek oponenta
Hybridní systémy grafenu a nukleových kyselin se jeví jako slibné materiály pro výrobu citlivých biosenzorů. Jedna z cest pro jejich realizaci je využití bioaktivity RNA hairpinů. K zachování svoji funkčnosti avšak potřebují své nativní uspořádání a prostředí. Za tímto účelem je potřeba cíleně řídit konformaci RNA na povrchu grafenu. V této práci je prostřednictvím výpočetní chemie poskytnut atomární pohled na chování krátkých RNA molekul z rodiny GAGA tetraloopu na grafenu ve vodném prostředí. Volné molekulárně dynamické simulace i výpočty entalpií ukázaly, že přítomnost grafenu napomáhá k rozbalování hairpinu, tj. hairpin se na povrchu grafenu chová jinak, než ve vodném prostředí, kde si zachovává svůj nativní fold. Z toho důvodu, bez další modifikace, nebo funkcionalizace systému není možné tento systém využít k senzorických aplikacím. Nicméně, znalost konformačního chování na mezifází grafen/voda může otevřít nové možnosti pro využití grafenu, nebo jeho derivátů.Hybrid systems of the graphene and nucleic acids look like promising material for production of sensitive biosensors, where short hairpin-forming RNA molecules appear as suitable candidates for this application because of their biological relevance. The essential prerequisite for its applicability in sensing is that hairpins have to preserve its native fold to maintain the biological functionality. In this thesis the behavior of RNA on graphene was studied using the molecular dynamics simulations allowing the atomic resolution. It was shown that graphene induces the unfolding of short hairpins, which impedes their use in sensing in their existing form, i.e. without further modification. However, knowledge of the conformational behavior on the graphene/water interface may open a new horizons in the applicability of such a systems in biotechnologies.
Počet záznamů: 1