V této bakalářské práci byla k analýze buněčných stěn sinic využita hmotnostní spektrometrická metoda MALDI-TOF MS (matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry). Metoda MALDI-TOF MS se využívá především pro identifikaci mikroorganismů. V dnešní době se tato metoda velmi rychle rozvíjí a začíná nahrazovat tradičnější metody používané v mikrobiologických laboratořích. Pomocí této metody je identifikace mikroorganismů rychlá, spolehlivá a ekonomicky efektivní. Experimentální část práce zahrnovala optimalizaci metody MALDI-TOF MS, neboli vytvoření vhodných podmínek pro přípravu vzorku a následnou analýzu, za účelem zisku co nejvíce kvalitního spektra. K narušení buněčných stěn sinic, byl použit enzym celulasa, který měl na vzhled spekter pouze malý vliv. Dále byl testován vliv koncentrace rozpouštědla matrice na vzhled proteinových profilů sinic. Jako rozpouštědlo byla použita kyselina trifluorooctová (TFA) v koncentracích 0,1%, 2% a 5%. Jako nejvíce výhodné se ukázalo použití 2% TFA.In my thesis, I analyze the cell walls of algae by mass spectrometric method MALDI-TOF MS (matrix - assisted laser desorption / ionization time of flight mass spectrometry). The MALDI-TOF MS method is particularly used for the identification of microorganisms. Nowadays, this method is developing rapidly and is starting to replace traditional methods used in microbiological laboratories. With this method, the identification of microorganisms is fast, reliable and cost-effective. The experimental part of the work included the optimization of MALDI-TOF MS method to create appropriate conditions for the sample preparation and subsequent analysis, in order to get the most quality spectrum. The disruption of the cell walls of cyanobacteria was done by the enzyme cellulase, which had minimum impact on the appearance of spectra. The impact of different concentrations of solvent on the appeance of protein profiles of cyanobacteria was also examined. Was used trifluoroacetic acid (TFA) as solvent in concentrations of 0.1%, 2% and 5%. The best results were achieved with 2% TFA.