Bakalářská práce je zaměřena na systém kontrolní činnosti ve veřejné správě v oblasti podpory z Evropského sociálního fondu, konkrétně z Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost. V teoretické části jsou vymezeny základní pojmy týkající se kontroly, veřejné správy a Evropských sociálních fondů. Dále je teoretická část zaměřena na proces implementace Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost v programovém období 2007 - 2013 prostřednictvím zprostředkujícího subjektu, Královéhradeckého kraje a způsob řešení nesrovnalostí. Praktická část se zabývá konkrétními výsledky kontrolní činnosti v rámci Královéhradeckého kraje, Pardubického kraje a kraje Vysočina. Na základě výzkumného šetření -pomocí řízených rozhovorů se zaměstnanci, zabývajícími se kontrolou v rámci výše uvedených krajů a analýzy dokumentů jsou v praktické části specifikovány obtíže a nedostatky zjištěné při kontrole projektů, pozitivní místa kontrolní a v neposlední řadě návrhy na zlepšení vedoucí k eliminaci nesrovnalostí v projektech.The bachelor thesis is focused on the control system of the public sector in the framework of the European Social Fund, particularly the Operational Programme Education for Competitiveness. The theoretical part defines basic concepts relating to the control, public administration and the European Social Fund. The theoretical part is focused on the process of implementation of the Operational Programme Education for Competitiveness in the programming period 2007 - 2013 through an intermediate body Hradec Králové Region and how to solve discrepancies.The practical part deals with specific results of inspections in Hradec Králové Region, Pardubice Region and Vysočina Region. Based on the survey (using structured interviews with employees working on the control under the above-mentioned regions and document analysis) are in the practical part specified difficulties and deficiencies found during inspection of projects, positive control points and finally suggestions for improvements to eliminate inconsistencies in projects.