Počet záznamů: 1
Flexibilita aktivního místa lidského cytochromu P450 CYP2E1
Údaje o názvu Flexibilita aktivního místa lidského cytochromu P450 CYP2E1 [rukopis] / Veronika Navrátilová Další variantní názvy Flexibilita aktivního místa lidského cytochromu P450 CYP2E1 Osobní jméno Navrátilová, Veronika (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Active Site Flexibility of Human Cytochrome P450 CYP2E1 Vyd.údaje 2011 Fyz.popis 87 s. (117 775 znaků) : il., grafy, tab. + 1 CD ROM Poznámka Ved. práce Michal Otyepka Oponent Karel Berka Dal.odpovědnost Otyepka, Michal, 1975- (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Berka, Karel, 1982- (oponent) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova cytochromy P450 * CYP2E1 * CYP3A4 * aktivní místo * flexibilita * RMSD * Rg * Bf * RDF * MD simulace * cytochromes P450 * CYP2E1 * CYP3A4 * active site * flexibility * RMSD * Rg * Bf * RDF * MD simulations Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses MDT (043)378.22 Země vyd. Česko Jazyk dok. čeština Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Bc. Studijní program Bakalářský Studijní program Chemie Studijní obor Aplikovaná chemie kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 00163508-998819963.pdf 29 3.2 MB 13.05.2011 Posudek Typ posudku 00163508-ved-515748573.doc Posudek vedoucího 00163508-opon-234441651.doc Posudek oponenta Průběh obhajoby datum zadání datum odevzdání datum obhajoby přidělená hodnocení typ hodnocení 00163508-prubeh-926131740.jpg 01.10.2010 13.05.2011 01.06.2011 1 Hodnocení známkou
Náplní této práce bylo popsat flexibilitu aktivního místa lidského cytochromu P450 CYP2E1. Flexibilita aktivního místa byla zkoumána pomocí analýzy dat získaných molekulárně dynamickými (MD) simulacemi provedenými za podmínek normálního (p = 1 atm) a vysokého tlaku (p = 3000 atm). První část práce shrnuje dosavadní znalosti o studovaném cytochromu P450 CYP2E1 a v závěru jej srovnává s příbuzným systémem CYP3A4 ze stejné nadrodiny. Experimentální část je věnována analýze dat z MD simulací, kde byla zkoumána stabilita systému (RMSD), vliv podmínek MD simulace na velikost molekuly CYP2E1 (Rg), flexibilita (Bf) a solvatace aktivního místa (RDF). Pro popis solvatace aktivního místa bylo navíc provedeno vizuální zhodnocení počtu molekul vody v okolí CO sondy aktivního místa. Pro doplnění údajů o flexibilitě aktivního místa CYP2E1 bylo provedeno měření objemu kavity aktivního místa systému CYP2E1 i CYP3A4. Z výsledků analýzy dat MD simulací lze říci, že flexibilita aktivního místa lidského cytochromu P450 CYP2E1 je sice poměrné nízká, ale možnost interakce s přídavnou kavitou jej činí mnohem flexibilnější a umožňuje dostatečné konformační přizpůsobení, díky němuž je pak CYP2E1 schopen metabolizovat i substráty velikosti mastných kyselin. Solvatace aktivního místa je nízká a naznačuje hydrofobní charakter kavity aktivního místa. Po srovnání výsledků pro CYP2E1 s výsledky analýzy pro CYP3A4 je patrné, že CYP3A4 je méně stabilním, avšak flexibilnějším systémem než CYP2E1 a jeho aktivní místo je mnohem objemnější, což odpovídá jeho schopnosti metabolizovat velké substráty jako je např. erythromycin.The goal of this work was study of active site flexibility of cytochrome P450 CYP2E1. Flexibility of active site was studied by analysis of data obtain from molecular dynamics (MD) simulations at normal (p = 1 atm) and high pressure (p = 3000 atm). First part of this work summarizes current knowledge about studied cytochrome P450 CYP2E1, which is later in the conclusion compared with relative system CYP3A4 from same superfamily. Experimental part is dedicated to analysis of data from MD simulations, where were studied stability of system (RMSD), influence of conditions at MD simulations for size of molecule of CYP2E1 (Rg), flexibility (Bf) and solvation of active site (RDF). Visual measurement of number of water molecules surrounding CO probe of active site was performed in addition for characterization of active site solvation. For completion of details of active site flexibility of CYP2E1 measurement of volume of active site cavity for CY2E1 and CYP3A4 was performed. From results of MD simulation analysis we can say, that active site flexibility is relatively narrow, but ability of interaction of active site cavity with adjacent cavity causes it more flexible and enable sufficient conformational adaptation, which means that CYP2E1 may metabolize even substrates, which are large as fatty acids. Active site solvation is relatively narrow and it means that active site cavity has hydrophobic character. Comparing results for CYP2E1 with results of analysis for CYP3A4 it is evident, that CYP3A4 is less stable, although more flexible system than CYP2E1 and its active site is larger, which corresponds with its ability of metabolizing large substrates like erythromycin.
Počet záznamů: 1