Cílem této práce je zjištění a porovnání způsobů řešení problematiky náhrad škod působených zvláště chráněnými živočichy v České republice, Slovenské republice, v Německu, Rakousku, Polsku a v Evropské unii jak celku. Práce dále řeší možnosti zamezení vzniku škod či snižování výše škod způsobených zvláště chráněnými živočichy, za které se vyplácí náhrady škod v České republice, a také srovnává výši náhrad škod vyplacených v kraji Vysočina za roky 2000 ? 2009 s jinými kraji České republiky, ve kterých se vyskytuje vydra říční (Lutra lutra) a kormorán velký (Phalacrocorax carbo). Závěrečný oddíl práce srovnává výši škod způsobených jednotlivými druhy zvláště chráněných živočichů v rámci celé České republiky v letech 2000-2009.The purpouse of this paper is to find and compare the methods of solution of problematic of compensation of damage caused by protected species in Czech Republic, Slovak republic, Federal republic of Germany, Republic of Austria, Republic of Poland and European union. Further it adress posibility of avoiding the damage or decrease the extend of the damage caused by protected species included in financial damage compensation in Czech republic. It also compare the extend of damage compensation in Vysočina region and other regions of Czech republic with population of europen otter (Lutra Lutra) and great cormoran (Phalacrocorax carbo), during years 2000 - 2009. In the final chapter it compare total extend of damage caused by individual protected species in Czech republic during years 2000 ? 2009.