Diplomová práce se zabývá financováním vybrané části zdravotnictví ČR. Teoretická část obsahuje informace o systému zdravotního pojištění, pravidlech pro hospodaření příspěvkových organizací a výčet událostí, které ovlivnily sledované období. Praktická část zkoumá hospodaření fakultních nemocnic v politicko-ekonomickém prostředí popsaném v teoretické části. Pro porovnání nemocnic mezi sebou a následné zhodnocení jsou použity poměrové ukazatele finanční analýzy.Diploma thesis is concerned with funding selected part of czech health system. Theoretical part contains information about health insurance system, rules for management of contribution organisation and survey of affairs, which have affected tracking period. Practical part explore management of faculty hospitals in context of economic ? political background described in theoretical part. Ratio indicators from financial analysis are used for comparing hospitals within each other and also for further evaluation.