Počet záznamů: 1
Optimalizace redukce a alkylace proteinů před polyakrylamidovou elektroforézou pro následnou MS identifikaci po in-gel štěpení
Údaje o názvu Optimalizace redukce a alkylace proteinů před polyakrylamidovou elektroforézou pro následnou MS identifikaci po in-gel štěpení [rukopis] / Jakub Lhotský Další variantní názvy Optimalizace redukce a alkylace proteinů před polyakrylamidovou elektroforézou pro následnou MS identifikaci po in-gel štěpení Osobní jméno Lhotský, Jakub (autor diplomové práce nebo disertace) Překl.náz Optimalization of protein reduction and alkylation prior polyacrylamide electrophoresis for subsequent identification after in-gel digestion Vyd.údaje 2010 Fyz.popis 64 s. : il., schémata, tab. Poznámka Ved. práce René Lenobel Dal.odpovědnost Lenobel, René (vedoucí diplomové práce nebo disertace) Pospíšil, Tomáš, 1981- (oponent) Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (udelovatel akademické hodnosti) Klíč.slova Proteomika * SDS-PAGE * BSA * redukce * alkylace * štěpení v gelu * hmotnostní spektrometrie * Proteomics * SDS-PAGE * BSA * reduction * alkylation * in-gel digestion * mass spectrometry Forma, žánr bakalářské práce bachelor's theses MDT (043)378.22 Země vyd. Česko Jazyk dok. čeština Druh dok. PUBLIKAČNÍ ČINNOST Titul Bc. Studijní program Bakalářský Studijní program Chemie Studijní obor Aplikovaná chemie kniha
Kvalifikační práce Staženo Velikost datum zpřístupnění 86800-442846663.pdf 31 3.6 MB 16.08.2010 Posudek Typ posudku 86800-ved-134931780.doc Posudek vedoucího 86800-opon-367709101.doc Posudek oponenta
Polyakrylamidová gelová elektroforéza je v současnosti nejpoužívanější metodou, sloužící k separaci proteinů z komplexních biologických směsí. Ve spojení s hmotnostní spektrometrií představuje mocný nástroj, sloužící k analýze a identifikaci proteinů. Přestože metody jednorozměrné a dvourozměrné polyakrylamidové elektroforézy doznaly během posledních desetiletí značného pokroku, v současnosti nejsou překonány všechny obtíže, které s sebou tyto metody přinášejí. Kritickým krokem je příprava proteinového vzorku. MS analýza proteinů probíhá většinou na peptidech, vzniklých enzymatickým nebo chemickým štěpením proteinů. Pro zisk kvalitního fondu peptidů je nutné rozrušit terciární a kvarterní strukturu proteinů redukcí disulfidových vazeb a zabránit jejich reoxidaci procesem alkylace. Tím je dosaženo zvýšení efektivity štěpení proteinů na peptidy. Cílem mé práce byla optimalizace podmínek redukce a alkylace proteinů s využitím různých redukčních a alkylačních činidel před gelovou elektroforézou a provést srovnání proti klasické metodě redukce a alkylace v gelu po elektroforéze. Lepších výsledků bylo dosaženo s použitím 0,25 mM tris(2-karboxyethyl)fosfinu a 22,73 mM iodoacetamidu při pH 8 před.Nowadays, polyacrylamide gel electrophoresis is now the most widely used method for the separation of proteins from complex biological mixtures. In conjunction with mass spectrometry it presents powerful tool for the analysis and identification of proteins. Although the methods of one-dimensional and two-dimensional electrophoresis have improved significantly over past few decades, there are still some complications that are not overcome yet. The critical step is sample preparation. MS identification of proteins is usualy based on peptides generated by enzymatic or chemical cleavage of proteins. To get a quality fund of peptides, the tertiary and quarternary structure of proteins must be disrupt by reduction of disulfide bonds and released thiol group must be prevented of reoxidation by the process of alkylation. By this approach the effectivity of cleavage of proteins to peptides is highly increased. The aim of my work was to optimize conditions of reduction and alkylation of proteins using different reducing and alkylating reagents before electrophoresis and compared to the classical metod in which the reduction and alkylation is done by dithiothreitol and iodoacetamide in in gel after electrophoresis; the best resuls were achieved by reduction with tris(2-carboxyethyl)phosphine and alkylation with iodoacetamide in buffer pH 8 before electrophoresis.
Počet záznamů: 1