Počet záznamů: 1  

Analýza chování silových polí při simulacích DNA a RNA

  1. Údaje o názvuAnalýza chování silových polí při simulacích DNA a RNA [rukopis] / Ivana Velikovská
    Další variantní názvyAnalýza chování silových polí při simulacích DNA a RNA
    Osobní jméno Velikovská, Ivana (autor diplomové práce nebo disertace)
    Překl.názAnalysis of the Force Field Bahaviour in DNA and RNA Simulations
    Vyd.údaje2010
    Fyz.popis84 s., 3. obr. příloh. : il., grafy, tab.
    PoznámkaVed. práce Petr Jurečka
    Dal.odpovědnost Jurečka, Petr (vedoucí diplomové práce nebo disertace)
    Berka, Karel, 1982- (oponent)
    Dal.odpovědnost Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (udelovatel akademické hodnosti)
    Klíč.slova DNA * RNA * AMBER * MD simulace * helikální parametry * permitivita * glykosidický úhel * van der Waalsovy parametry * empirický potenciál * DNA * RNA * AMBER * MD simulation * helical parameters * permittivity * glycosidic angle * van der Waals parameters * force field
    Forma, žánr diplomové práce master's theses
    MDT (043)378.2
    Země vyd.Česko
    Jazyk dok.čeština
    Druh dok.PUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitulMgr.
    Studijní programNavazující
    Studijní programChemie
    Studijní oborFyzikální chemie
    kniha

    kniha

    Kvalifikační práceStaženoVelikostdatum zpřístupnění
    74040-111222688.pdf732 MB26.05.2010
    PosudekTyp posudku
    74040-ved-306668419.docPosudek vedoucího
    74040-opon-236764378.docPosudek oponenta

    Cílem této práce bylo zjistit, které parametry silového pole ovlivňují vybrané strukturní parametry DNA a RNA a jak se makromolekula jako celek chová v závislosti na změně parametrů, jako například permitivita, torzní úhel ? (amplituda a fázový posun) a van der Waalsovy parametry. V rámci diplomové práce jsem také zkoumala korelace parametrů silového pole se strukturními parametry molekul nukleových kyselin pomocí vytvořených korelačních tabulek a dále jsem tyto závislosti charakterizovala jejich směrnicemi. Navíc jsem porovnala vliv použitého modelu rozpouštědla (implicitní a explicitní) na základní strukturní charakteristiky makromolekul DNA a RNA.The aim of this study was to determine which parameters of force field influence the structural parameters DNA and RNA and determine how macromolecule reacts to the change of parameters as permittivity, angle ? (its amplitude and phase shift) or van der Waals parameters. Using prepared correlation tables I have also examined the correlation of force field parameters with the structural parameters of nucleic acids and characterized them by their slopes. Moreover, I assessed the effect of solvent (implicit and explicit) on the structural characteristics of DNA and RNA molecules.

Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.