Diplomová práce se zaměřuje na proteomickou analýzu krevní plazmy, která by byla vhodná pro velké kohorty vzorků. V teoretické části se práce věnuje krevní plazmě, jejímu složení a analýze, dále se věnuje DIA metodě LC-MS/MS analýzy a přípravě vzorků včetně její automatizace. V experimentální části byly připraveny vzorky plazmy metodami FASP, in-solution digescí a metodou SP3, z nichž metoda SP3 byla následně automatizována na přístroji Tecan Fluent. Vzorky plazmy byly také analyzovány pomocí DIA metody. Získaná data byla analyzována pomocí softwarů Proteome Discoverer, Spectronaut a DIA-NN. DIA metoda s LC gradientem 30 minut byla vyhodnocena jako nejvhodnější metoda s následující analýzou vzorků pomocí softwarů Proteome Discoverer nebo Spectronaut.The master thesis focuses on plasma proteomic analysis, suitable for large sample cohorts. The theoretical part of the thesis deals with blood plasma, including its composition and analysis. It discusses the DIA method of LC-MS/MS analysis, along with the automation of sample preparation processes. In the experimental part, plasma samples were prepared using FASP, in-solution digestion, and SP3 methods. The SP3 method was subsequently automated using a Tecan Fluent platform. Furthermore, the plasma samples underwent analysis utilizing the DIA method. Subsequent data analysis was conducted employing Proteome Discoverer, Spectronaut, and DIA-NN software suites. DIA method with LC gradient of 30 min was evaluated as the most suitable method with subsequent data analysis using Proteome Discoverer or Spectronaut software.