V této diplomové práci jsem se věnovala analýze a charakteristice vybraných polymorfních mikrosatelitů, které byly nalezeny u čápa černého (Ciconia nigra). V teoretické části jsem popsala fylogenetické vztahy uvnitř rodu Ciconia, charakterizovala jsem čápa černého včetně jeho hnízdění, migrace, rozšíření, rozmnožování, shánění potravy, karyotypu a mitochondriálního genomu. Další kapitoly se zabývaly mikrosatelity, de novo izolovanými mikrosatelity pro druhy čeledi Ciconiidae a mikrosatelity z řádu Procellariiformes využitými pro cross-species PCR amplifikaci. V experimentální části jsem cross-species PCR amplifikací a za využití populačně genetických programů charakterizovala na genomické DNA 24 nepříbuzných jedinců čápa černého mikrosatelitové lokusy, které byly u tohoto druhu polymorfní v mé bakalářské práci (Musilová, 2022). Celkem 15 lokusů bylo polymorfní se 2-6 alelami. Tyto lokusy jsem genotypovala a popsala jsem jejich populačně genetické vlastnosti. Mezi žádnými lokusy nebyla detekována vazba, ale 1 lokus (Ole26) byl vázán na pohlavní chromozom Z. Dále jsem otestovala 11 mikrosatelitů izolovaných od čápa bílého na polymorfismus u čápa černého. Žádný z nich nebyl polymorfní.In this master thesis I dealt with the analysis and characterization of selected polymorphic microsatellites found in the Black stork (Ciconia nigra). In the theoretical part I described the phylogenetic relationships within the genus Ciconia, characterized the Black stork including its nesting, migration, distribution, reproduction, foraging behavior, karyotype and mitochondrial genome. Other chapters dealt with microsatellites, de novo isolated microsatellites for the species of the family Ciconiidae and from order Procellariiformes used in the cross-species PCR amplification. In the experimental part, using cross-species PCR amplification and population and genetic softwares I characterized the microsatellites that were polymorphic in this species in my bachelor thesis (Musilova, 2022) on the genomic DNA of 24 unrelated Black stork´s individuals. A total of 15 loci were polymorphic with 2 to 6 alleles. I genotyped these loci and described their population genetic properties. There was no linkage detected between the loci and one of them (Ole26) was linked to the Z sex chromosome. Then I tested 11 microsatellites isolated from the White stork for polymorphism in the Black stork and none of them were polymorphic.