Druhově specifické geny jsou přítomné v genomech drtivé většiny organism, včetně rostlinných a živočišných druhů. Alespoň část z nich má pro své nositele zřejmě význam v adaptaci na okolní prostředí. Regulace jejich exprese je mnohoúrovňový mechanismus, který je značně modifikován po mezidruhové hybridizaci, tj. sloučení genomů dvou různých druhů. Tato práce zabývá se dosud nezkoumaným osudem druhově specifických genů v mezidruhových křížencích. S využitím dostupných sekvenčních dat a de novo sestavených transkriptomů byly identifikovány druhově specifické geny pro dva druhy trav, Festuca pratensis a Lolium multiflorum a studována jejich exprese jak v obou rodičovských druzích, tak v jejich křížencích (Festulolium). Byla rovněž provedená jednoduchá funkční anotace s důrazem na genovou ontologii.Lineage-specific genes are present in genomes across all kingdoms of life tree and are recognised for their adaptive potential. However, regulation of their expression is a multi-layered mechanism, which undergoes significant changes in a hybrid genome. This thesis examines the previously unexplored interplay of the functionality of these genes with interspecific hybridisation by studying their presence, characteristics and expression patterns in two grass species, Festuca pratensis and Lolium multiflorum, and their hybrids called Festulolium. Species-specific genes are identified for both species using available sequence data and de novo transcriptome assembly. Functional annotation, with emphasis on gene ontology, is performed. Finally, existing transcription data are employed in expression analysis.