Diplomová práce se zabývá problémem antibiotické rezistence, zejména jejím rozšířením ve velkochovech drůbeže. Jelikož střevní bakterie jsou často přehlíženým rezervoárem genů antibiotické rezistence, první část se zaměřuje na vývoj a složení střevní mikroflóry slepic. Další část literární rešerše se zabývá antibiotiky a jejich využitím ve veterinární medicíně. Zároveň se zaměřuje na problém antibiotické rezistence a metody její detekce. Cílem praktické části bylo popsat složení střevní mikroflóry brojlerů a nosnic po produktivním věku, a zároveň pomocí metody real-time PCR detekovat vybrané geny antibiotické rezistence v těchto vzorcích. Výsledky obou experimentů byly proti sobě vyneseny v korelační analýze, pomocí které byly předpovězeny čeledě, jež mohou sloužit jako možný rezervoár genů antibiotické rezistence.This thesis deals with the problem of antibiotic resistance, especially its spread in poultry farms. Intestinal bacteria are often an overlooked reservoir of antibiotic resistance genes, so the first part focuses on the development and composition of the chicken intestinal microflora. The next section of the literature review deals with antibiotics and their use in veterinary medicine. It also focuses on the problem of antibiotic resistance and methods of its detection. The aim of the practical part was to describe the composition of the intestinal microflora of broilers and laying hens after the productive age and to detect selected antibiotic resistance genes in these samples using real-time PCR method. The results of both experiments were compared in a correlation analysis, through which families that may serve as potential reservoirs of antibiotic resistance genes were predicted.