Ľan siaty patrí ku zdrojom veľkého množstva človeku prospešných látok, medzi ktoré patria aj lignany. Vzhľadom k tomu, že tieto látky vykazujú značný priestor pre izomériu, venuje sa táto práca ich analýze pomocou iónovej mobility, ktorá je jedným z možných nástrojov pre rýchle odlíšenie izomérov. Prvotné overenie zloženia pripraveného extraktu obohateného o lignany bolo realizované pomocou spojenia UHPLC-MS/MS, vybrané nájdené ióny boli identifikované metódou porovnávania fragmentačných spektier s online databázami. Následne boli vybrané deriváty secoisolariciresinolu (majoritní lignan v ľanových semienkach) analyzované v konfigurácii UHPLC-IMS-MS/MS.Flax is one of the sources of a large number of beneficial substances, including lignans. Due to the fact that these substances show considerable room for isomerism, this work deals with their analysis using ion mobility, which is one of the possible tools for rapid resolution of isomers. Initial verification of the composition of the prepared extract enriched with lignans was performed using UHPLC-MS/MS, selected ions were identified by the method of comparison of fragmentation spectra with online databases. Subsequently, selected secoisolariciresinol derivatives (major lignan in flax seeds) were analyzed in the UHPLC-IMS-MS / MS configuration.